Учебный сайт Шиндяпиной А.В.

Работа с поисковыми системами (SRS, MRS и др.)

1)

1. Поле entry (general) information везде схоже, только на сайте UniProt имеется дополнительно история исправлений записи, чем он и выигрывает перед остальными.
2. Поля Name and origin of the protein (или Description and origin of the Protein) на сайтах очень похожи, только на сайте UniProt ключевые слова вынесены в другое поле и систематизированы,что намного удобнее. На Embl-Ebi нельзя перейти по названиям таксонов, т.е. сложнее найти представителей, дапустим, того же семейства.
3. Поля References и Comments одинаково удобны во всех трех случаях.
4. В поле Cross-references содержится много из того, что и так уже упоминается в записи, многое я вообще не поняла, поэтому лезть не стала :).
5. Интереснее всего дело обстоит с полем Features. Тут хоть информация одна и та же, но представлена настолько по-разному, что отпадает сразу же желание работать в некоторых поисковых программах. И это MRS, где просто перечислены особенности без каких-либо наглядных иллюстраций. Другое дело UniPort и Embl-Ebi, где по цветам показано распределение вторичных структур: альфа-спиралей и бета-тяжей. Лучше всего это показано на странице UniProt.
6. Поле Sequence information лучше всего на Embl-Ebi, где можно, и довольно быстро, переходить от одного формата записи последовательности к другому.

2)

1. На gam начинаются названия 6-ти таксонов:gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea
2. Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" gammaproteobacteria.
3. В банке SwissProt 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

3)

Дополнительные задания