Рабочий сайт Шиндяпиной А.В.

Работа с банком UniProt

На основе информации о моём белке (PTHP_ECOLI), взятой из банка данных UniProt (Universal Protein Resource), заполнила следующую таблицу.



  Метка поля Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number") AC P0AA04 P05525 P07006
Идентификатор записи в БД ID PTHP_ECOLI
Название (краткое описание) белка DE Histidine-containing protein
Дата создания документа DT 01-APR-1988
Дата последнего исправления аннотации DT 20-JAN-2009
Число публикаций, использованных при создании документа RN 20
Журнал и год самой поздней публикации RL Nat. Struct. Biol. 1999
Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Cytoplasm; Direct protein sequencing; Kinase; Phosphotransferase system; Sugar transport; Transferase; Transport.
Что содержит поле комментариев? CC Функция: главный (сахаро неспецифичный) компонент фосфоенолпирувата-зависимого сахара фосфотрасферазной системы. Это основная карбогидратная активно-транспортная система катализирующая фосфорилирование приходящего сахарного субстрата, одновременно с его переносом через мембрану клетки. Фосфатная группа из фосфоенолпирувата переноситься на транспортирующий фосфатные группы белок (HPr) энзимом I. После чего фосфо-HPr переносит группу к пермазе (энзимы II/III). Каталитическая активность: Белок HPr N(пи)-фосфо-L-гистидин + белок EIIA= белок HPr + белок EIIA N (тау)-фосфо-L-гистидин. Внутриклеточная локализация: цитоплазма. Принадлежность: относят к семейству HPr-белков Принадлежность: содержит 1 HPr домен
Идентификаторы записей PDB DR 1OPD


Мутация по какому аминокислотному остатку нарушит связывание белка с субстратом?
Мутация по аминокислотному остатку Histidine (гистидин) нарушит связывание белка с субстратом, в чем можно убедиться, посмотрев на реакцию в поле с описанием каталитической активности и в особенности строения белка ( активный сайт 15-15-это гистидин)

UniProt включает в себя две базы данных: TrEMBL (автоматическая база предсказаний последовательностей белков) и SwissProt (курируемая база последовательностей белков). Очевидно, что количество записей в TrEMBL больше, чем в SwissProt, что и показывает первые данные в таблице. Дальнейшие данные, видимо, для важного вида белков, т.к. большее число их записей было проверено.

 Запрос  Число записей в SwissProt Число записей в TrEMBL
"Phosphocarrier protein HPr" 274 934
"Histidine containing protein" 57 38
"Phosphocarrier protein HPr" "Histidine containing protein" "Sugar transport" 53 1


Для сравнения данных взяла похожий на мой белок PTHP_ECOLI (1 таблица) белок PTHP_SALTY.

  Метка поля Белок 1 Белок 2
Первый код доступа AC P0AA04 P0AA07
Идентификатор последовательности в БД ID PTHP_ECOLI PTHP_SALTY
Название (краткое описание) белка DE Phosphocarrier protein HPr Phosphocarrier protein HPr
Дата создания документа DT 01-APR-1988 01-APR-1988
Дата последнего исправления аннотации DT 20-JAN-2009 16-DEC-2008
Название организма OS Escherichia coli (strain K12) Salmonella typhimurium
Классификация организма (список таксонов) OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia. Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Salmonella.
Длина последовательности ID 85 AA 85 AA
Молекулярная масса белка SQ 9119 MW 9119 MW
Число публикаций, использованных при создании документа RN 20 5
Журнал и год самой поздней публикации RL Nat. Struct. Biol. 1999 Nature. 2001
Описание вторичной структуры FT Описание есть Белок содержит три альфа-спирали и 4 бета-тяжа. Описания нет.
Ключевые слова KW 3D-structure; Complete proteome; Cytoplasm; Direct protein sequencing;Kinase; Phosphotransferase system; Sugar transport; Transferase;Transport. Complete proteome; Cytoplasm; Direct protein sequencing; Kinase;Phosphotransferase system; Sugar transport; Transferase; Transport.
Темы, освещённые в комментариях CC Функция, взаимодействия, каталитическая активность, внутриклеточная локализация, принадлежность. Функция, каталитическая активность, внутриклеточная локализация, принадлежность.
Особенности последовательности
 FT Цепь состоит из 85 АК, домен из 85 АК, активный сайт(центр) состоит из гистидина, белок включает четыре бета-тяжа ( 2-7, 31-37, 40-43, 70-83) и три альфа-спирали (16-26, 47-50, 70-83) Цепь состоит из 85 АК, домен из 85 АК, активный сайт(центр) состоит из гистидина.
Идентификаторы записей PDB DR 1OPD  

Оба белка имеют одинаковые функции и механизм катализируемых ими реакций. Уже из этого можно предположить схожесть их строения, что и подтверждается данными. Более того, белки имеют одинаковую аминокислотную последовательность, но их отличает пространственная структура. Бактерии относятся к одному семейству, скорее всего такой белок характерен для всех представителей семейства ( или большинства ), где он будет отличаться только пространственной структурой.


Дополнительное задание.
По запросу "Histidine containing protein" в поисоквой системе UniProt из первоначальных 95 белков 10 имеют третичную структуру.

©, "ООО Шиндяпина 2008"