Команда Water

Функция

Локальное выравнивание Смита - Ватермана

Описание

Water использует алгоритма Смита - Ватермана, который считает лучший вес локального выравнивания.

Алгоритм Смита -Ватермана - это один из класса алгоритмов, которые считают лучший вес локального выравнивания используя mn шагов (где m и n - это длины этих последовательностей) Этот класс алгоритмов динамического програмирования был развит Смитом и Ватерманом и использовался для сравнения белковых последовательностей.

Методы динамического програмирования гарантируют оптимальное локальное выравнивание, исследуя все и выбирая наилучше. Алгоритм реализуется, считыванием матрицы весов замены, которая содержит любые возможные совпадения аминокислотных или нуклеотидных последовательностей. Water находит наилучшее выравнивание, которое отвечает наибольшему весу, который равен сумме всех совпадений, посчитанных в соответствии с матрицей.

Локальное выравнивание очень полезно в случае сканирования базы данных или в других случаях, когда вы желаете найти схожие места в некоторых областях последовательностей.

Алгоритм

Алгоритм Смита-Ватермана не содержит никаких отрицательных значений на дорожке, которая высчитывается с помощью матрицы весов замены. Алгоритм ищет наибольшее выравнивание на данной дорожке, а потом переходит на следующую и так далее в этом и заключается метод динамического програмирования. См. Smith и т.д.

Использование

Ниже очень простой пример использование данной команды:

% water tsw:hba_human tsw:hbb_human
Smith-Waterman local alignment.
Gap opening penalty [10.0]:
Gap extension penalty [0.5]:
Output alignment [hba_human.water]:

Как видно синтаксис очень простой устанавльвается последовательность А(hba_human) и последовательность B(hbb_human) и адрес выравнивания (hba_human.water).

Аргументы командной линии

Стандартные определители

[-asequence], [-bsequence]	Адреса последовательностей, локольное выравнивание которых надо найти
-gapopen	Штраф за гэп. По умолчанию используется матрица EBLOSUM62 для белков и EDNAFULL для нуклеотидов
-outfile	Файл в который сохраняется наилучшее локальное выравнивание