Филогенетические деревья (дополнительные задания)

Оценка достоверности полученной топологии с помощью метода jackknife


Было повторено упражнение 1 задания 3, но использовались следующие команды:
fseqboot 1.fasta -auto -test j
fdnaml 1.fseqboot -ttratio 1 -auto
В результате на выходе получаем файлы "1.fdnaml", в котором видим деревья и "1.treefile" со скобочными формулами.
Опять же как и в предыдущем задании была запущена программа fconsense, на вход программе были поданы скобочные формулы из файла 1.treefile,в выходной файл были помещены результаты бутстреп-анализа.
Перед нами стояла задача-проанализировать результаты и сравнить с предыдущими.
Можно заметить, что в данном консенсусном дереве опять же таки присутствуют все ветви и как и ранее полученное, это дерево неукорененное.
Всевозможные разбиения на ветви включенные в консенсусное дерево: 
Set (species in order)     How many times out of  100.00

.***..                     100.00
....**                     100.00
.**...                     100.00

Сразу же стоит напомнить результаты, полученные ранее: 
Set (species in order)     How many times out of  100.00

.**...                     100.00
.***..                     94.00
....**                     94.00

То есть,как видно,разбиение на ветви в полученных консенсусных деревьях совпадает.
Что касается разбиений на ветви, которые не были включены в консенсусное дерево, то их нет как и прежде.
Схема полученного консенсусного дерева: 

                       +------F
                +100.0-|
         +100.0-|      +------E
         |      |
  +------|      +-------------D
  |      |
  |      |             +------A
  |      +-------100.0-|
  |                    +------B
  |
  +---------------------------C

Теперь сравним деревья.Дерево, полученное ранее: 
  +---------------------------C
  |
  |             +-------------D
  |      +-94.0-|
  |      |      |      +------F
  |      |      +100.0-|
  +------|             +------E
         |
         |             +------B
         +--------94.0-|
                       +------A

Смотря на схему можно заключить, что разбиения на ветви в консенсусных деревьях одинаковы, то есть деревья одинаковы по топологии.
Также нужно отметить, что результаты работы с jackknife несколько отличаются от результатов, полученных в результате бутстреп анализа.
Как видно выше,бутстреп значения ветвей отличаются, то есть мы получаем иную оценку, выданную программой, о вероятности встречи данной ветви.
Также нельзя не заметить различие в размещении внутренних ветвей и листьев в наших деревьях.
Но все же, несмотря на вышеприведенные различия, я считаю, что можно сделать вывод об однозначной реконструкции дерева .

Укоренение дерева в среднюю точку


Задачей этого упражнения было освоить программу fretree и разбераться в частности, как посредством fretree укоренить это дерево. На вход ей подавалось дерево, реконструированное методом Neighbor-joining.
Использовалась следующая команда:
fretree 6 1.treefile , где перед названием файла указано количество листьев в данном дереве.
С помощью "?" была выведена справка с параметрами программы: 
 . Redisplay the same tree again
 = Redisplay the same tree without/with lengths
 U Undo the most recent change in the tree
 W Write tree to a file
 + Read next tree from file (may blow up if none is there)

 R Rearrange a tree by moving a node or group
 O select an Outgroup for the tree
 M Midpoint root the tree
 T Transpose immediate branches at a node
 F Flip (rotate) subtree at a node
 D Delete or restore nodes
 B Change or specify the length of a branch
 N Change or specify the name(s) of tip(s)

 H Move viewing window to the left
 J Move viewing window downward
 K Move viewing window upward
 L Move viewing window to the right
 C show only one Clade (subtree) (might be useful if tree is too big)
 ? Help (this screen)
 Q (Quit) Exit from program
 X Exit from program
Для получения данного изображения переукорененного дерева я воспользовалась функцией M: 
     ,------------------------------------------------------3:D
  ,--9
  !  !                                     ,--------------------------------4:E
  !  `------------------------------------10
  !                                        `----------------------------5:F
-11
  !                   ,-----------------------------------------------6:A
  !       ,-----------7
  `-------8           `-----------------------------------------------------1:B
          !
          `--2:C

Далее опцией W полученные данные были записаны в reroot.treefile
Как мы видим, укоренение проводилось в среднюю точку, т.е. в середину самого длинного пути по дереву между двумя листьями.

Изображение филогенетического дерева в графическом формате


Построение изображения проводилось программой fdrawgram.
Задачей стояло ознакомиться с программой, построить изображение и сравнить работу данной программы с работой fdrawtree.
Использовалась команда для изображения филограммы, ориентированной вправо:
fdrawgram -style p reroot.treefile
Данные были записаны в файл reroot2.ps
Результат полученного изображения можно увидет ниже:

Различие между двумя программами состоит лишь в каком виде изображается дерево, и если первая программа однозначно изображает дерево на основе скобочной формулы, то в программе fdrawgram можно менять различные параметры и она в зависимости от этого может создавать различные, нужные нам, изображения дерева.
На главную
На страницу четвертого семестра
©Вахрушева Анна Алексеевна