Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Пробные выравнивания.Обязательные задания.1. Определение положения фрагмента >seq1 MSGHIMTTAEVAKILTSENNR в последовательности белка RISA_ECOLI.Заданный фрагмент соответствует позициям 99-119 в полной последовательности белка RISA_ECOLI: 2. Выравнивание последовательностей seq1 и seq2 вручную. >seq1 MSGHIMTTAEVAKILTSENNR >seq2 GHLLSGHVFGTAEIFLIKENR Исходные длины последовательностей - по 21 аминокислотных остатка. Длина выравнивания - 24. Вес выравнивания W = M – nG (где M — число совпавших букв, G — штраф за пропуск, равен 2, n — общее число пропусков) W = 9 - 1*2 = 7. Процент идентичности последовательностей: 9/24 = 37,5% 3. "Близкородственная" замена а.о.. На 4-ой позиции от N-конца имеет место замена метионина (M) на лейцин (L), которая считается "близкородственной", так как вес этой замены в соответствии с матрицей BLOSUM62 равен 2. И действительно, метионин и лейцин весьма похожи по своим свойствам: оба гидрофобные, незаряженные, неполярные а также имеют примерно одинаковые размеры и молекулярную массу. Дополнительные задания.1.Определить процент сходства выровненных фрагментов. В соответствии с матрицей BLOSUM62 в данном выравнивании положительным весом обладают следующие замены: M - L, I - V, V - I, E - K. Тогда процент сходства равен: 13/24 = 54%. 2. Второй вариант выравнивания. Вес данного выравнивания равен 9 - 1*2 = 7, процент идентичности равен 9/24 = 37,5% - как и в первом выравнивании. Но это выравнивание чуть хуже,так как содержит на одну близкородственную замену меньше, и поэтому процент сходства равен 12/24 = 50%, меньше, чем в первом случае. |