Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Программа PSI-BLAST.

I.

Результаты поиска с помощью программы PSI-BLAST:

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	126	0,004	0,005	239	0,003	0,007
SSRP_ECOLI	P0A832	2	449	3e-10	5,0	449	8e-31	0.62
NUSB_ECOLI	P0A780	4	327	0,003	0,008	388	2e-12	0.031
RISA_ECOLI	P0AFU8	2	21	7e-16	1.3	21	1e-42	0.81

Итерации "сошлись" для всех последовательностей, кроме первой.
В первом случае "разрыв" между между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога при всех итерациях был очень небольшим (максимальное различие было на 2-ой итерации ~ 4 порядка)
Во втором и четвертом случае первая итерация была, по сути, последней, то есть после нее не было получено новых последовательностей, А разрыв между Evalue естественно возрос.
В третьем же случае этот разрыв постепенно увеличивался каждый раз от итерации к итерации.

Evalue поданого на вход белка увеличивается от итерации к итерации, причем может стать даже больше, чем Evalue какой-либо из находок (в случае с NUSB_ECOLI).
Evalue "средней" находки ведет себя абсолютно непредсказуемо, от итерации к итерации может как увеличиваться так и уменьшаться.

II.

После установки порога 0.001 на Evalue, итерации для первой последовательности "сошлись", потому что теперь BLAST создавал позоционно-специфичную матрицу для более сходных белков. В данном конкретном случае я оцениваю максимальное значение порога Evalue, чтобы итерации сошлись как 0.001, потому что если после первой итерации в выборке будет присутстввать белок MINC_SYNY3 (Evalue = 0.001) то итерации "не сойдутся", а если не будет - то "сойдутся".