Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Введение в PyMOL.

1. В записи 1KMY банка PDB присутствует ион железа.


	HETNAM     FE2 FE (II) ION                                                      
	HETNAM     BPY BIPHENYL-2,3-DIOL

Железо здесь имеет заряд 2+, лиганд BPY - это бифенил-2,3-диол.

2.1 Запись 1GT0. Участок цепи C с 75 по 100 остатки.
Данная структура расшифрована в 2002 году. Разрешение 2.6 ангстрем.

Здесь отсутствует фрагмент цепи с 78 по 96 остатки. При этом, поле REMARK pdb-файла не заполнено.


REMARK 465                                                                      
REMARK 465 MISSING RESIDUES                                                     
REMARK 465 THE FOLLOWING RESIDUES WERE NOT LOCATED IN THE                       
REMARK 465 EXPERIMENT. (M=MODEL NUMBER; RES=RESIDUE NAME; C=CHAIN               
REMARK 465 IDENTIFIER; SSSEQ=SEQUENCE NUMBER; I=INSERTION CODE.)                
REMARK 465                                                                      
REMARK 465   M RES C SSSEQI

2.2 Запись 7GPB, остатки с номерами 67 из четырёх разных цепей.

Структура была расшифрована в 1990 году. Разрешение 2.9 ангстрем.

Любая ароматическая система (и в частности триптофана) должна быть абсолютно плоской, чего не наблюдается в этой структуре, особенно для триптофана из цепи D. В поле REMARK никаких объяснений данного явления нет.

3. Создание скрипта для PyMOL. (для задания 2.1)

1gt0.pml


load 1GT0.pdb
hide all
select res, resi 75-100 and chain c
show spheres , res
set sphere_scale, 0.25
show sticks , res
orient res
set label_position, (0.0, 0.0, 5.0)
set label_size, 15
set label_color, white
label (n;ca and res),"%s-%s" % (resn,resi)