Полезные ссылки
Качество структуры: PROCHECK, EDS, PDB_REDO.
1. Для записи 1PKV построена карта Рамачандрана:
В запрещенных областях таких остатков нет.
Таким образом, качество структуры, согласно карте Рамачандрана можно считать хорошим.
2. На сайте EDS нет данных по структуре 1PKV, поэтому далее работа будет идти с записью 1T9H
В ней 55 остатков имеют большой Z-score по RSR.
| пространственный R-фактор | 0.691 |
| коэффициент корреляции для электронной плотности | 0.336 |
| Z-score пространственного R-фактора | 10.583483 |
Можно видеть, что данный остаток почти не попадает внутрь электронной плотности, о чем кстати можно было догадаться, просто глядя на приведенные выше значения. Таким образом пространственное расположение данного остатка очень сомнительно.
3. Re-refinement структуры 1T9H.
На странице http://www.cmbi.ru.nl/pdb_redo/t9/1t9h/index.html можно посмотреть результаты работы так называемого повторного улучшения качества структуры.
R-values:
| исходная структура | оптимизированная структура | |
| R | 0.1514 | 0.2034 |
| R-free | 0.1843 | 0.2300 |
| sigmaR-free | 0.0028 | 0.0034 |
| R-free Z-score | -3.50 | 1.29 |
WHAT_CHECK validation:
| исходная структура | оптимизированная структура | |
| 1st generation packing quality 1 | -0.762 | -0.985 |
| 2nd generation packing quality 1 | -1.492 | -1.568 |
| Ramachandran plot appearance 1 | 0.068 | -0.288 |
| Chi-1/Chi-2 rotamer normality 1 | -0.298 | -1.074 |
| Backbone conformation 1 | -1.182 | -1.580 |
| Bond length RMS Z-score 2 | 0.406 | 3.282 |
| Bond angle RMS Z-score 2 | 0.726 | 1.014 |
| Total number of bumps 3 | 46 | 125 |
| Unsatisfied H-bond donors/acceptors 3 | 25 | 18 |
1 - Чем больше, тем лучше
2 - Должен быть меньше 1.000
3 - Чем меньше, тем лучше
Можно видеть, что все показатели качества структуры (за исключением "Unsatisfied H-bond donors/acceptors") значительно ухудшились у полностью оптимизированной структуры по сравнению с исходной.