Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Характеристики PDB-файла, биологические единицы.

1.Дана запись 1PKV.pdb. Некоторые ее технические характеристики представлены в таблице:

Разрешение	2.60 ангстрем
Число рефлексов	6793
Полнота	99.5%
R-фактор	0.174
Свободный R-фактор и процент рефлексов, использованных для его вычисления	0.235, 4.700%
Кристаллографическая группа и тип симметрии	С 2 2 21
Длины векторов a, b, c	50.161, 104.383, 85.113
Ортогональны ли базисные периоды?	да
Совпадает ли абсолютная система координат с депонируемой?	да
Совпадает ли биологическая единица с ассимметрической единицей, записанной в файле?	да
Есть ли в структуре атомы с коэффициентом заполнения, меньшим 1?	да, например: LYS A 11 CE (коэффициент заполнения 0)

2. Вычислим относительные координаты для атома:


ATOM    806  CG  PRO B  19     -12.007  10.185  37.256  1.00 68.55           C

Используем матрицу перехода и вектор трансляции:


SCALE1      0.019936  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.009580  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.011749        0.00000

Тогда, умножая матрицу перехода на вектор координат атома и прибавляя вектор трансляции, получим относительные координаты атома:
-0,239, 0,098, 0,438.

3. С сервера PDBe скачан файл с ассиметрической и биологической единицами записи 1ZAY.

Ассиметрическая единица:

Биологическая единица:

Биологическая единица состоит из 2 цепей белка и 2 цепей ДНК, ассиметрическая - из 1 цепи белка и 1 цепи ДНК.
Анализируя структуру только лишь ассимметрической единицы, нельзя определить, что белок образует димеры в активном состоянии, нельзя определить взаимодействие белка с двуцепочечной ДНК.