Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Кристаллографическая симметрия.Дана запись 1MNM.pdb.1. В поле COMPND найдена следующая информация о биополимерах, присутствующих в записи: Две комплементарные цепочки ДНК - E и F. Молекула белка - регулятора транскрипции MCM1 - цепи A и B. Молекула белка - репрессора транскрипции MAT ALPHA-2 - цепи C и D. 2. Изучение водородных связей цепи D в пределах ассиметрической единицы. Углероды цепи D выделены зеленым, цепи А - желтым, цепи F (ДНК) - голубым, цепи E (ДНК) - фиолетовым. Атомы, образующие водородные связи отмечены сферами. Таким образом, цепь D связана водородными связями с цепью A белка и с двумя цепочками ДНК - E и F. 3. Теперь изучим связи цепи D с молекулами, находящимися в соседних симметрических образах асимметрической единицы. а) связь цепи D с ДНК, содержащейся в той же ассиметрической единице, и восстанавливаемой по симметрии кристалла: Зеленым выделена цепь D, желтым ДНК, содержащейся в той же ассиметрической единице, синим - в единице, восстанавливаемой по симметрии кристалла б) связь цепи D с белками из других образов ассиметрической единицы: Зеленым выделена цепь D, красным - цепь А из той же ассиметрической единицы, желтым - цепи А восстановленых по симметрии кристалла единиц. Получается, что в кристалле каждая цепь D взаимодействует с 4 цепями ДНК и с 3 цепями белка, причем с одной из цепей А ( не в ассиметрической единице ) она образует параллельный бета-слой. |