Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Банк Uniprot

Белок RISA_ECOLI.

	Метка поля	Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number")	AC	P0AFU8; P29015.
Идентификатор записи в БД	ID	RISA_ECOLI
Название (краткое описание) белка	DE	Альфа цепочка рибофлавинсинтазы. EC=2.5.1.9 по международной классификации ферментов
Дата создания документа	DT	20 декабря 2005 г.
Дата последнего исправления аннотации	DT	16 декабря 2008 г.
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	7
Журнал и год самой поздней публикации	RL	Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006)
Ключевые слова	KW	3D-structure; Complete proteome; Repeat; Riboflavin biosynthesis; Transferase.
Что содержит поле комментариев?	CC	Функция: Рибофлавинсинтаза - это бифункциональный ферментный комплекс, катализирующий образование рибофлавина из 5-амино-6-(1'-D)-рибитил-амино-2,4(1H,3H)-пиримидина и L-3,4-дигидрохи-2-бутанон-4-фосфата с помощью 6,7-диметил-8-лумазина. Каталитическая активность: 2 6,7-диметил-8-(1-D-рибитил)лумазин = рибофлавин + 4-(1-D-рибитиламино)-5-амино-2,6-дигидроксипиримидин. Путь метаболизма: Кофактор биосинтеза; Биосинтез рибофлавина; 6,7-диметил-8-(1-D-рибитил)лумазин и рибофлафин из 4-(1-D-рибитиламино)-5-амино-2,6-дигидроксипиримидина: шаг 1/1. Структура субъединицы: Олигомер содержит 3 альфа-субъединицы и 60 бета-субъединиц. Сходство: Содержит 2 лумазин-связывающих повтора. Авторские права принадлежат UniProt Consortium, смотри http://www.uniprot.org/terms Распространяется по лицензии Creative Commons Attribution-NoDerivs
Идентификаторы записей PDB	DR	1HZE; 1I18; 1I8D; 1PKV.

Вопрос: Что необходимо Вашему белку для того,чтобы он мог выполнять свою биологическую функцию в клетке?

Ответ:
1) Данный белок - только лишь составная часть рибофлавинсинтазы и он не может выполнять свою биологическую функцию без остального комплекса.

2) Кроме того в белок в качестве лиганда входит молекула рибофлавина (По данным записи 1pkv банка PDB).

Сравнение количества записей в SwissProt и TrEMBL.

Запрос	Число записей в SwissProt	Число записей в TrEMBL
Riboflavin synthase alpha chain	29	332
EC=2.5.1.9	432	1148
Riboflavin synthase	1005	4081

Сравнение белков RISA_ECOLI и RISA_BACSU.

	Метка поля	RISA_ECOLI	RISA_BACSU
Первый код доступа	AC	P0AFU8	P16440
Идентификатор последовательности в БД	ID	RISA_ECOLI	RISA_BACSU
Название (краткое описание) белка	DE	Riboflavin synthase alpha chain	Riboflavin synthase alpha chain
Дата создания документа	DT	20 декабря 2005 г.	1 августа1990 г.
Дата последнего исправления аннотации	DT	16 декабря 2008 г.	20 января 2009 г.
Название организма	OS	Escherichia coli	Bacillus subtilis
Классификация организма (список таксонов)	OC	Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia.	Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus.
Длина последовательности	SQ	213	215
Молекулярная масса белка	SQ	23445 Da	23481 Da
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	7	5
Журнал и год самой поздней публикации	RL	Mol. Syst. Biol. 2:E1-E5(2006).	Nature 390:249-256(1997).
Описание вторичной структуры Укажите, есть ли такое описание, и в чем оно состоит.	FT	Есть. Перечисление элементов вторичной структуры с указанием номеров аминокислот.	Нет описания
Ключевые слова	KW	3D-structure; Complete proteome; Repeat; Riboflavin biosynthesis;Transferase.	Complete proteome; Direct protein sequencing; Repeat; Riboflavin biosynthesis; Transferase.
Темы, освещённые в комментариях	CC	см. выше.	то же
Особенности последовательности Не копируйте, а перечислите, какие особенности отражены в документе!	FT	1 цепочка, содержит 2 лумазин-связывающих повтора.	то же
Идентификаторы записей PDB	DR	1HZE; 1I18; 1I8D; 1PKV.	нет

Оба белка выполняют одну и ту же биологическую функцию. Они являются составными частями фермента - рибофлавинсинтазы. Оба содержат по 2 (лумазин-связывающих) повтора. По длине цепи и молекулярной массе они почти одинаковы. При этом их аминокислотные последовательности абсолютно разные (одинаково лишь начало "MFTGI")

RISA_ECOLI:

MFTGIVQGTA KLVSIDEKPN FRTHVVELPD HMLDGLETGA SVAHNGCCLT VTEINGNHVS FDLMKETLRI TNLGDLKVGD WVNVERAAKF SDEIGGHLMS GHIMTTAEVA KILTSENNRQ IWFKVQDSQL MKYILYKGFI GIDGISLTVG EVTPTRFCVH LIPETLERTT LGKKKLGARV NIEIDPQTQA VVDTVERVLA ARENAMNQPG TEA

RISA_BACSU:

MFTGIIEETG TIESMKKAGH AMALTIKCSK ILEDVHLGDS IAVNGICLTV TDFTKNQFTV DVMPETVKAT SLNDLTKGSK VNLERAMAAN GRFGGHFVSG HVDGTAEITR IEEKSNAVYY DLKMDPSLTK TLVLKGSITV DGVSLTIFGL TEDTVTISLI PHTISETIFS EKTIGSKVNI ECDMIGKYMY RFLHKANENK TQQTITKAFL SENGF

Дополнительные задания:

1) По запросу "Riboflavin synthase alpha chain" найдено 5 белков, для которых известна третичная структура: P0AFU8; P11998; Q9Y7P0; Q05755; P07260.