Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика |
---|
Полезные ссылки |
Анализ деревьев, содержащих паралоги. Особенности работы с нуклеотидными последовательностями.1) Построение дерева по нуклеотидным последовательностям.В файле 16S.fasta содержатся последовательности рРНК малой субъединицы рибосомы из организмов выбраных в первом задании. Программой muscle по ним построено выравнивание. Далее программой ffitch было построено дерево (предварительно по выравниванию была получена матрица расстояний с помощью программы fdnadist): +---RHOS4 ! ! +SALTY ! +--6 ! +-5 +ECOLI ! ! ! ! +-4 +--VIBCH ! ! ! 1----3 +---PSEAE ! ! ! ! +--NEIMA ! +--2 ! +--BURCA ! +---BRAJAВ отличие от деревьев построенных по белкам (см. задание 1) полученное дерево полностью совпадает с правильным. Таким образом реконструкция деревьев по ДНК точнее, чем по белкам. 2) Построение и анализ дерева, содержащего паралоги. В файле proteo.fasta были найдены все гомологи белка FTSH_ECOLI с eValue < 0,0001. Последовательности соответствующие отобраным ранее бактериям были помещены в файл homologs.fasta. Далее было построено выравнивание, и по нему с помощью программы fprotpars - дерево: +--HSLU_BRAJA +----------17 ! +--HSLU_RHOS4 ! +-16 +--HSLU_SALTY ! ! +-15 ! ! +-14 +--HSLU_ECOLI ! ! ! ! +-------------------------12 +----13 +-----HSLU_VIBCH ! ! ! ! ! +--------HSLU_PSEAE ! ! ! +-----------------Q89KG3_BRA ! ! +--------------------A1IR46_NEI ! ! +-11 ! +--Q3J045_RHO ! ! ! +----------10 ! ! ! ! +--Q9XBG5_BRA ! ! +--4 ! ! ! ! ! +--9 +--FTSH_SALTY ! ! ! ! ! ! +--8 ! ! ! ! ! ! +--7 +--FTSH_ECOLI ! ! ! ! ! ! ! ! +--2 +--------------------3 +--5 +-----6 +-----Q9KU86_VIB ! ! ! ! ! ! ! ! ! +--------Q9HV48_PSE ! ! ! ! ! ! ! +-----------------Q1BXC9_BUR 1 ! ! ! ! +-----------------------Q1BNJ2_BUR ! ! ! +-----------------------------------------------Q89BR3_BRA ! +--------------------------------------------------Q9I5R4_PSEДва гомологичных белка будем называть ортологами, если они а) из разных организмов; б) разделение их общего предка на линии, ведущие к ним, произошло в результате видообразования. Ортологи: FTSH_ECOLI и FTSH_SALTY HSLU_BRAJA и HSLU_RHOS4 Q3J045_RHOS4 и Q9XBG5_BRAJA Два гомологичных белка из одного организма будем называть паралогами. Паралоги: Q1BXC9_BURCA и Q1BNJ2_BURCA Q89KG3_BRAJA и Q89BR3_BRAJA Q9HV48_PSEAE и Q9I5R4_PSEAE FTSH_ECOLI и HSLU_ECOLI |