Полезные ссылки
Функции, продолжение. Мембранные белки, транспортные белки.
I. Построить выравнивание заданного белка и белка-прототипа с разметкой трансмембранных сегментов.
1) Сравнение нумераций остатков белка-прототипа в UniProt и PDBЗаданной записи PDB 2qts соответствует запись в UnbiProt Q1XA76
Выравнивание в формате msf
Последовательность из PDB короче, чем из UniProt, но первый остаток в PDB имеет номер 42, таким образом, нумерации в этих записях совпадают.
2) Построение полного глобального выравнивания заданного белка и белка-прототипа.
Программой seqret были получены последовательности белков ACCN2_MOUSE и ACCN2_CHICK.
Выравнивание построено программой needle: accn2_mouse_chick.needle
3) Создание по данным БД ОРМ разметки трансмембранных сегментов в белке-прототипе.
В файле mark.msf размечены трансмембранные участки (H), а также пети обращенные в цитоплазму (+) и во внешнюю среду (-)
Желтым отмечены трансмембранные участки, синим - обращенные в цитоплазму, красным - во внешнюю среду.
4) Предсказание топологии заданного белка с помощью наиболее популярной программы (TMHMM).
Предсказание программы TMHMM: просмотр
Программа не смогла предсказать трансмембранные области, поэтому выдала довольно странный результат, что белок целиком располагается снаружи клетки.
Тем не менее разметка предсказанных участков была добавлена в файл mark2.msf
II. Сравнение полученного предсказания с данными ОРМ.
Результаты предсказания топологии мембранного белка ACCN2_MOUSE:| Всего а.к. остатков | 526 |
| Остатки, предсказанные как локализованные в мембране (всего) | 0 |
| Правильно предсказали (true positives, TP) | 0 |
| Предсказали не то, что нужно (а.о. предсказаны как мембранные, а по данным ОРМ таковыми не являются, false positives, FP) | 0 |
| Правильно не предсказали ( не предсказаны, и по данным ОРМ не находятся в мембране, true negatives, TN) | 464 |
| Не предсказали то, что нужно (остатки по данным ОРМ находятся в мембране, false negatives, FN) | 62 |
| Чувствительность (sensivity) = TP / (TP+FN) | 0 |
| Специфичность (specificity) = TN / (TN+FP) | 1 |
| Точность(precision) = TP /(TP+FP) | 0/0 |
| Сверхпредсказание = FP/ (FP+TP) | 1 |
| Недопредсказание = FN / (TN+FN) | 0,118 |
В выдаче нет трансмембранных участков, хотя там и были остатки на позициях, соответствующим данным из OPM, у которых вероятность их нахождения в мембране были порядка 50%, что намного меньше нужного порога. Все же программа совсем не справилась с задачей, поэтому о каком-либо качестве предсказания говорить трудно, по крайней мере в данном конкретном случае.