Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Поисковые системы.

Белок RISA_ECOLI.

Запись SwissProt в различных поисковых системах: Uniprot, SRS, MRS.

1.

Различия в этих трех отображениях касаются прежде всего полей FT и SQ.

Так, наибольшей информативностью обладает, на мой взгляд SRS. (очень наглядное и удобное отображение вторичной структуры, вывод информации о последовательности в различных форматах, также имеются прямые ссылки на публикации.)

Uniprot хоть и чуть менее информативен, но как мне кажется с точки зрения дизайна более приятен (крупный шрифт, возможность скрыть ненужную информацию, кроме того, есть ссылка на исходный текстовый файл).

А вот MRS не порадовал. (неудобное отображение поля FT, поле SQ не соответствует какому-либо распространенному формату) Если есть возможность, лучше пользоваться первыми двумя поисковыми системами.

2.

1) Названия таксонов начинающихся на "gam":

gambusia
gammaherpesvirinae
gammapapillomavirus
gammaproteobacteria
gammaretrovirus
gammaridea

2) Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - это "gammaproteobacteria".

3) В банке SwissProt 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий.

3. Белки гамма-протеобактерий, выполняющих функцию, сходную с функцией белка RISA_ECOLI:

Формулировка функции белка	Строка запроса	Количество найденных документов
Riboflavin synthase alpha chain (точное описание белка)	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (((([swissprot-Description:Riboflavin] & [swissprot-Description:synthase]) & [swissprot-Description:alpha]) & [swissprot-Description:chain]) \| [swissprot-Description:Riboflavin synthase alpha chain]))	9
EC=2.5.1.9 (по международной классификации ферментов)	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & [swissprot-AllText:EC=2.5.1.9])	9 (те же)
Riboflavin biosynthesis (биосинтез рибофлавина)	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & (([swissprot-Keywords:Riboflavin] & [swissprot-Keywords:biosynthesis]) \| [swissprot-Keywords:Riboflavin biosynthesis]))	280
Riboflavin biosynthesis &Transferase (участвует в биосинтезе рибофлавина и при том трансфераза)	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ([swissprot-Keywords:Riboflavin biosynthesis] & [swissprot-Keywords:Transferase]))	115
Riboflavin biosynthesis & 3D-structure (участвует в биосинтезе рибофлавина, с известной третичной структурой)	([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria] & ([swissprot-Keywords:Riboflavin biosynthesis] & [swissprot-Keywords:3D-structure]))	4

4. Белки гамма-протеобактерий, найденные по первому запросу в таблице выше, в формате fasta: wgetz.fasta (3 Kb)