Главная I Семестр II Семестр III Семестр IV Семестр Проекты
Официальный сайт ФББ Официальный сайт МГУ Полезные ссылки |
Функции. Онтологии базы данных GO.
I. Знакомство с терминологией GO.
Описание функции белка RISA_Ecoli в соответствии с GO-аннотацией
| |
Онтология GO (название словаря) |
Количество разных ассоциированных терминов GO |
Функция белка
(краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO |
| Где? |
|
0 |
|
| Зачем, для чего? |
Biological Process (биологический процесс) |
1 |
1. Биосинтез рибофлавина - химические реакции и метаболические пути в результате которых образуется рибофлавин (витамин B2),
предшественник коферментов флавинмононуклеотида (FMN) и флавинадениндинуклеотида (FAD)
|
| Молекулярный механизм? |
Molecular Function (молекулярная функция) |
2 |
1. Рибофлавинсинтазная активность - катализирует реакцию: 2 6,7-диметил-8-(1-D-рибитил)лумазин = рибофлавин + 4-(1-D-рибитиламино)-5-амино-2,6-дигидроксипиримидин.
2. Трансферазная активность - катализирует перенос химической группы с одной молекулы на другую. Трансфераза - название ферментов класса 2 по EC (международная классификация ферментов). |
| Специфичность? |
|
0 |
|
Описание терминов GO
| GO ID выбранного термина |
Список синонимов |
Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи |
Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
| GO:0009231 |
exact: riboflavin anabolism
exact: riboflavin biosynthesis
exact: riboflavin formation
exact: riboflavin synthesis
exact: vitamin B2 biosynthesis
exact: vitamin B2 biosynthetic process
exact: vitamin G biosynthesis
exact: vitamin G biosynthetic process |
1) GO:0044271 : cellular nitrogen compound biosynthetic process (is_a)
2) GO:0042727 : riboflavin and derivative biosynthetic process (is_a)
3) GO:0006771 : riboflavin metabolic process (is_a)
4) GO:0009231 : riboflavin biosynthetic process (is_a)
|
Дочерних терминов нет |
| GO:0004746 |
narrow: heavy riboflavin synthase
narrow: light riboflavin synthase
exact: 6,7-dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine:6,7-dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine 2,3-butanediyltransferase activity
exact: riboflavin synthetase activity
exact: riboflavine synthase activity
exact: riboflavine synthetase activity
exact: vitamin B2 synthase activity
broad: lumazine synthase activity
|
1) GO:0016765 : transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups (is_a)
|
Дочерних терминов нет |
| GO:0016740 |
синонимов нет |
1) GO:0003824 : catalytic activity (is_a)
|
1) GO:0008665 : 2'-phosphotransferase activity (is_a)
2) GO:0008414 : CDP-alcohol phosphotransferase activity (is_a)
3) GO:0008820 : cobinamide phosphate guanylyltransferase activity (is_a)
4) GO:0042123 : glucanosyltransferase activity (is_a)
5) GO:0043842 : Kdo transferase activity (is_a)
6) GO:0000031 : mannosylphosphate transferase activity (is_a)
7) GO:0051075 : S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase activity (is_a)
8) GO:0016746 : transferase activity, transferring acyl groups (is_a)
9) GO:0016744 : transferase activity, transferring aldehyde or ketonic groups (is_a)
10) GO:0016765 : transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups (is_a)
11) GO:0016757 : transferase activity, transferring glycosyl groups (is_a)
12) GO:0016769 : transferase activity, transferring nitrogenous groups (is_a)
13) GO:0016741 : transferase activity, transferring one-carbon groups (is_a)
14) GO:0016772 : transferase activity, transferring phosphorus-containing groups (is_a)
15) GO:0016785 : transferase activity, transferring selenium-containing groups (is_a)
16) GO:0016782 : transferase activity, transferring sulfur-containing groups (is_a)
|
Графы родительских, дочерних терминов и терминов-сибсов: GO:0009231, GO:0004746, GO:0016740.
II. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt.
1. Определение числа реальных и гипотетических белков пшеницы.
Русское название: пшеница
Английское название: wheat
Латинское название: triticum
Ранг таксона: род (genus)
NCBI_TaxID: 4564
Соотношение между реальными и гипотетическими белками пшеницы (по данным UniProt)
| |
Количество в UniProt |
| Существование белка доказано экспериментально |
159 |
| Известны только соответствующие транскрипты |
2444 |
| Гипотетический белок, предсказан по гомологии |
723 |
| Иные предсказанные гипотетические белки |
3172 |
Как видно из таблицы, меньше всего - экспериментально доказанных белков, гораздо больше - доказательств на уровне транскрипта.
Несмотря на это больше половины всех известных белков пшеницы - гипотетические.
2. Определение качества функциональной аннотации в UniProt
Задание: Определите с помощью одного запроса к SRS, сколько из реальных (см. выше) белков заданного таксона аннотированы
по всем трем словарям GO и у которых встречается хотя бы один раз хотя бы один из кодов экспериментального доказательства функции
Запрос:
Organism name: Triticum
ProteinExistence: 1: evidence at protein level|2: evidence at transcript
DBxref_ : GO:&P:&F:&C:&(EXP:|IDA:|IPI:|IMP:|IGI:|IEP:)
Поиск не дал результатов. Таким образом функции многих, даже экспериментально полученных белков еще не вполне известны.
III. Использование GO для работы с массовыми данными.
1. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией.
Русское название функции: биосинтез пуринов
Английское название функции: purine biosynthesis
Выбранный GO_ID: GO:0006164 : (purine nucleotide biosynthetic process)
Словарь: biological process
Запрос: ([uniprot-Organism:Triticum*] & [uniprot-DBxref_:GO:0006164*])
По данному запросу была найдена всего одна запись в банке UniProt - O24396.
Последовательность этого белка сохранена в файле pura_wheat.fasta.
2. Определение главной функции в большом списке белков
В файле P0AFU8.txt находится список идентификаторов UniProt белков, полученных в результате массового эксперимента.
Программа GOstat позволяет определить, белки с какими функциями доминируют в этом списке.
Наиболее перепредставленные термины GO приведены в таблице:
| GO ID |
P-value |
Онтология GO |
Термин |
| GO:0009231 |
8.1e-10 |
biological process |
биосинтез рибофлавина (riboflavin biosynthetic process) |
| GO:0042726 |
8.1e-10 |
biological process |
метаболизм рибофлавина и его производных (riboflavin and derivative metabolic process) |
| GO:0042727 |
8.1e-10 |
biological process |
биосинтез рибофлавина и его производных (riboflavin and derivative biosynthetic process) |
| GO:0006771 |
8.1e-10 |
biological process |
метаболизм рибофлавина (riboflavin metabolic process) |
GO:0042364 |
8.34e-08 |
biological process |
биосинтез водорастворимых витаминов (water-soluble vitamin biosynthetic process) |
GO:0009110 |
1.05e-07 |
biological process |
биосинтез витаминов (vitamin biosynthetic process) |
GO:0006767 |
2.42e-07 |
biological process |
метаболизм водорастворимых витаминов (water-soluble vitamin metabolic process) |
GO:0006766 |
3e-07 |
biological process |
метаболизм витаминов (vitamin metabolic process) |
GO:0005886 |
3.02e-07 |
cellular component |
плазматическая мембрана(plasma membrane) |
Таким образом большая часть заданных белков участвует в процессе биосинтеза рибофлавина.
|
