Главная I Семестр II Семестр III Семестр Проекты
Официальный сайт ФББ Официальный сайт МГУ Полезные ссылки |
Банк EMBL.
1.
а) дата последнего проиндексированного релиза EMBL 07.12.2009, содержит 108577013 записей.
б) Классы банка EMBL.
- ANN: Constructed sequence with annotation
- CON: Constructed sequence
- EST: Expressed Sequence Tag
- GRV: Genome Reviews
- GSS: Genome Survey Sequence
- HTC: High Throughput cDNA sequencing
- HTG: High Throughput Genome sequencing
- MGA: Mass Genome Annotation
- PAT: Patent
- SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
- STD: Standard
- STS: Sequence Tagged Site
- TPA: Third Party Annotation
- TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
- WGS: Whole Genome Shotgun
из них проиндексированы:
- EST: 62846990 записей
- GSS: 25905073 записей
- HTC: 549753 записей
- HTG: 142473 записей
- PAT: 10439165 записей
- STD: 7253026 записей
- STS: 1310171 записей
- TPA: 6520 записей
- TSA: 123842 записей
Классы ANN, CON, GRV, MGA, SET, WGS - не проиндексированы:
в) Разделы банка EMBL.
|
обозначение
|
описание
|
число записей
|
|
по-английски
|
по-русски
|
| ENV
| Environmental Samples
| Образцы из окружающей среды
| 4145029
|
| FUN
| Fungi
| Грибы
| 3942084
|
| HUM
| Human
| Человек
| 12841544
|
| INV
| Invertebrates
| Беспозвоночные
| 15518735
|
| MAM
| Other Mammals
| Другие млекопитающие
| 9429823
|
| MUS
| Mus musculus
| Домовая мышь
| 7424621
|
| PHG
| Bacteriophage
| Бактериофаги
| 5865
|
| PLN
| Plants
| Растения
| 33806044
|
| PRO
| Prokaryotes
| Прокариоты
| 909986
|
| ROD
| Rodents
| Грызуны
| 2261678
|
| SYN
| Synthetic
| Синтетические
| 2671622
|
| TGN
| Transgenic
| Трансгенные
| 265465
|
| UNC
| Unclassified
| Неклассифицированные
| 3945859
|
| VRL
| Viruses
| Вирусы
| 827405
|
| VRT
| Other Vertebrates
| Другие позвоночные
| 10581253
|
2. Информация о гене G5C из записи BA000025.
Направление гена относительно записи - прямое
Число кодирующих участков - 4
Длина первого кодирующего участка - 53 нт.
Длина последнего кодирующего участка - 164 нт.
Длина первого интрона - 3673 нт.
Длина последнего интрона - 1980 нт.
3. Поиск белка по кодирующему участку гена.
Самый длинный кодирующий участок в данном гене - 266908..267344 (длина 437 нт)
С помощью программы seqret -sask получен файл с последовательностью этого участка.
Далее подадим этот файл на вход программе BLASTX, которая по нуклеотидной последовательности ищет соответствующие белковые последовательности .
В банке SwissProt программа нашла 5 белков с достаточно низким E-value. Наибольшее сходство у белка LY65C_HUMAN (100% identity),
в котором исходному экзону соответствуют аминокислоты в белке с 98 по 150.
кроме того в списке находок еще 4 белка LY65C из других организмов
(собаки, мыши, крысы и макаки).
4. Ссылки на банк EMBL в записи P0AFU8 банка SwissProt.
С помощью программы entret получен файл, содержащий данную запись.
В ней 4 ссылки на EMBL:
|
Идентификатор записи EMBL
|
Тип молекулы
|
Класс данных
|
Раздел EMBL
|
Дата создания
документа |
Описание
|
Длина последовательности
|
| AP009048 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
22-JAN-2006 |
Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome. |
4646332 |
| U00096 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
23-FEB-2006 |
Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome. |
4639675 |
| U68703 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
20-SEP-1996 |
Escherichia coli K-12 MG1655 genome, ribC-pykF region. |
14601 |
| X69109 |
genomic DNA |
STD |
PRO |
09-NOV-1992 |
E.coli ribC gene for riboflavin synthase |
5969 |
|