Полезные ссылки
Функции, продолжение. Ферменты и метаболические пути.
1) Что значит код фермента RISA_ECOLI.EC код этого белка - 2.5.1.9.
2 - класс фермента (всего их 6) - трансферазы (Transferases) - катализирует перенос химических групп с одной молекулы на другую
5 - подкласс - Перенос алкильных и арильных групп, но не метильных (Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups)
1 - подподкласс - Перенос алкильных и арильных групп, но не метильных (Transferring alkyl or aryl groups, other than methyl groups)
В данном подклассе (2.5) всего 1 подподкласс, поэтому их названия совпадают.
9 - порядковый номер - рибофлавинсинтаза (riboflavin synthase)
Уравнение катализируемой реакции:
2 6,7-dimethyl-8-(1-D-ribityl)lumazine = riboflavin + 4-(1-D-ribitylamino)-5-amino-2,6-dihydroxypyrimidine
Графическое изображение реакции:
2) Метаболические пути, в которых участвует фермент RISA_ECOLI.
Локус гена этого белка - b1662
С данным геном ассоциированы следующие метаболические пути:
eco00740 - Riboflavin metabolism (метаболизм рибофлавина) карта
eco01100 - Metabolic pathways (метаболические пути)
3) Поиск структурных формул соединений в KEGG
| Название | Идентификатор | Структурная формула |
| L-аспартат (L-Aspartate) | C00049 |  |
| НАД+ (NAD+) | C00003 |  |
4) Поиск метаболического пути от одного заданного вещества к другому.
выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: метаболизм никотинамида и никотината
цепочка: L-аспартат -> НАД+
Выбранный путь отмечен на карте.
5) Сравнение метаболические пути у разных организмов.
| Организм | Возможна ли цепочка реакций | Обоснование |
| Escherichia coli K-12 MG1655 | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Archaeoglobus fulgidus | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций |
| Arabidopsis thaliana | да | присутствуют все ферменты, необходимые для осуществления цепочки реакций (карта) |
| Homo sapiens | нет | неизвестен ген фермента, катализирующего 1-ую стадию (EC 1.4.3.16, EC 1.4.1.21) |
6) Сравнение ферментов из далеких организмов.
1. В SRS по запросу:
([uniprot-ECNumber:4.1.1.65] & ([uniprot-ID*_HUMAN*] | [uniprot-ID*_ARCFU*]))
Было найдено по 1 белку из данных организмов - PISD_HUMAN и PSD_ARCFU.
2. Доменная структура найденых белков:
PISD_HUMAN
PSD_ARCFU
Оба белка содержат в себе домен PS_Dcarbxylase (PF02666)
4. Поиск ортологов.
Лучший ортолог белка PISD_HUMAN из архей - mvu:Metvu_0119
Methanocaldococcus vulcanius M7, Identity = 22.2%, длина выравнивания 176.
Лучший ортолог белка PSD_ARCFU из эукариот - tan:TA09760
Theileria annulata Ankara, Identity =36.6%, длина выравнивания 202.
Таким образом можно видеть, что функция этого фермента сохраняется даже при небольшом проценте идентичности в далеких организмах.