Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Биологический смысл выравнивания.

Были даны две последовательности аминокислот в fasta-формате:

23.fasta


>23
ESYYSIGEVSKLANVSIKALRYYDKIDLFKPAYVDPDTSYRYYTDSQLIH
LDLIKSLKYIGTPLEEMKKAQDLEMEELFAFYTEQERQIREKLDFLSALE
QTISLVKKRMKRQMEYPA

24.fasta


>24
MKYQVKQVAEISGVSIRTLHHYDNIELLNPSALTDAGYRLYSDADLERLQ
QILFFKEIGFRLDEIKEMLDHPNFDRKAALQSQKEILMKKKQRMDEMIQT
IDRTLLSVD

И пространственное наложение этих двух структур. 23_24.pdb

На рисунке последовательность 23 покрашена красным, 24 - синим.

Используя информацию о пространственной структуре этих двух последовательностей можно постоить выравнивание, которое будет биологически осмысленным. seferyan_23_24.msf

В этом выравнивании двум стоящим друг под другом аминокислотам соответствует их наложение в пространстве, Несовпадающим или совпавшим по случайности аминокислотам сопоставлен гэп.

Также посторим оптимальное глобальное выравнивание с помощью программы needle пакета EMBOSS. 23_24_auto.msf

Видно, что первые два фрагмента, совпадающие в пространстве были также найдены программой needle. А вот с третьим вышла осечка, программа смогла получить больший вес выравнивания, но при этом биологический смысл потерялся.