Полезные ссылки
Изучение работы методов контроля температуры в GROMACS.
1.Создадим индексный файл, в котором будет группа из одной молекулы этана:
make_ndx -f box_38.gro -o 1.ndx
Теперь создадим gro файл с одной молекулой и зададим ячейку
editconf -f box_38.gro -o et1.gro -n 1.ndx #зададим ячейку и расположим молекулу по центру ячейки editconf -f et1.gro -o et.gro -d 2 -c
Исправленный файл топологии et1.top из прошлого задания.
2. Даны 5 файлов с разными параметрами контроля температуры:
be.mdp - метод Берендсена для контроля температуры.
vr.mdp - метод "Velocity rescale" для контроля температуры.
nh.mdp - метод Нуза-Хувера для контроля температуры.
an.mdp - метод Андерсена для контроля температуры.
sd.mdp - метод стохастической молекулярной динамики.
Скрипт для работы с 5 параметрами контроля температуры.
3. С его помощью получили 5 pdb файлов для каждой системы:
et_an.pdb, et_be.pdb, et_nh.pdb, et_sd.pdb, et_vr.pdb.В методе Андерсена отсутствует вращение, однако наблюдаются небольшие изменения по длинам связей и валентным углам.
В методе Берендсена молекула сначала колебается, а потом с возрастающей скоростью начинает вращаться.
В Нуза-Хувера наблюдается вращение лишь вдоль оси С-С, хотя в реальности молекуле этана доступны 3 вращательных степени свободы.
В методе стохастической молекулярной динамики молекула вращается по всем доступным ей направлениям.
В методе "Velocity rescale" вращение преобладает по оси С-С, но также имеется и по другим осям.
Графики изменения энергии (слева) и длин связей (справа):
Распределение Больцмана:
