Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Вычисление точечных зарядов и VdW параметров для молекулярной механики.

1. Добавим путь к скриптам RED на perl в системный путь:

export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin

C помощью скрипта Ante_RED.pl подготовим pdb файл:

Ante_RED.pl et.pdb

Переименуем p2n файл в Mol_red1.p2n. И запустим RED:

RED-vIII.4.pl

Получим файл Mol_m1-o1.mol2 с координатами атомов и зарядами. Они нам нужны для того чтобы создать файл описания молекулы в формате пакета программ GROMACS.

2. Описание молекулы: et.top

Следующая задача - это промоделировать испарение этана. Первая система это газовая фаза, где расстояния между молекулами равны примерно 50 ангстрем, а вторая имеет такую же плотность, как и жидкий этан. Файл для газа, файл для жидкой фазы. Нужно провести короткое моделирование динамики каждой из этих систем о определить разницу в энергии VdW взаимодействий между системами и сравнить эту разницу с энтальпией испарения этана. При Т=25 это значение равно 5.4 кДж/моль. Так как epsilon для водорода нам не известна, создадим 7 топологий с разными значениями epsilon и выполним для них расчёты.

3. Скрипт для создания топологий с разными значениями epsilon. Проведем для каждой системы рассчет молекулярной динамики с каждым файлом топологии (файл с настройкам для динамики) и посчитаем значения энергий с помощью утилиты g_energy.

Были получены файлы со средними значениями энергий для разных значений epsilon водорода. Для газа значения энергий VdW взаимодействий все порядка 10^-4, тогда как у жидкости минимальный порядок 1 (для жидкости, для газа). А кулоновские взаимодействия для обоих фаз намного меньше, чем VdW. Поэтому для оценки энтальпии испарения можно брать значения только для VdW взаимодействий в жидкой фазе.

Epsblon водорода должна лежать в диапозоне от 0.016 до 0.037.