Полезные ссылки
Вычисление параметров для молекулярной механики.
1. Дана оптимизированная структура этана в виде z-matrix:
$DATA eth C1 C C 1 cc H 2 ch 1 cchv H 2 ch 1 cch 3 d1 0 H 2 ch 1 cch 3 d2 0 H 1 ch 2 cch 3 d3 0 H 1 ch 2 cch 5 d3 0 H 1 chv 2 cch 4 d3 0 cc=1.52986 ch=1.08439 chv=1.08439 cch=111.200 cchv=111.200 d1=120 d2=-120 d3=180 $END
2. Файл-заготовка для размножения et.inp.
3. Скрипт make_b.bash для того чтобы создать 20 файлов с разными длинами связей.
4. С помощью скрипта получаем зависимость энергии молеклы от длины связи сс bond.txt.
5. Затем, используя Gnuplot и приближая полученные значения параболой f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b,
находим коэффициенты a, k и b:
a = -79.7652
k = 0.563608
b = 1.55432
График:
6. Сделаем аналогичные операции для валентного угла HCH
Его значения должны изменяться от 109.2 до 113.2
Скрипт для создания файлов: make_v.bash
Получаем файл: valent.txt
Получаем значения коэффициентов и график:
a=-79.7647 k=3.56075e-05 b=111.38
7. Сделаем аналогичные операции для для торсионного угла d3
Его значения должны изменяться от -180 до 180 c шагом 12
Скрипт: make_t.bash
Получаем файл: torsion.txt
График:
Учитывая, что угол -180 равен углу 180, функция имеет 3 минимума.