Полезные ссылки
Abinitio вычисления для нафталина и азулена.
1. Оптимизация структуры азулена и нафталинаSmiles представления молекул:
Azulene : C1=CC=C2C=CC=C2C=C1 naphalene: c1ccc2ccccc2c1
Силовое поле UFF позволяет получить плоскую структуру молекулы азулена (azu.mol)
Для нафталина использовалось поле MMFF94. (nap.mol)
Входные файлы для оптимизации геометрии средствами GAMESS: azu_opt.inp, nap_opt.inp.
2. Оптимизация геометрии с помощью GAMESS
Проведем оптимизацию геометрии данных молекул.:
gms nap_opt.inp 1 >& nap_opt.log gms azu_opt.inp 1 >& azu_opt.log
Получили файлы: azu_opt.log и nap_opt.log.
Оптимизация геометрии проводилась с базисом 6 гауссовых функций для невалентных электронов и 3+1 гауссовых функции для валентных электронов.
3. Расчет энергии методами Хартри-Фока и теории функционала плотности
Создадим по 2 входных файла для каждой молекулы (для расчета энергии методом Хартри-Фока и по теории функционала плотности):
Azulene: azu_opt_hf.inp, azu_opt_dft.inp
naphalene: nap_opt_hf.inp, nap_opt_dft.inp
Теперь рассчитаем четыре системы: два способа на каждую молекулу. Получили файлы:
azu_opt_hf.log, azu_opt_dft.log, nap_opt_hf.log, nap_opt_dft.log
4. Сравнение энергий
| Вещество | Хартри-Фок | DFT |
|---|---|---|
| Нафталин | -383.35 | -385.64 |
| Азулен | -383.28 | -385.59 |
| Δ, Hartree | 0.0722 | 0.0543 |
| Δ, kCal/mol | 45.31 | 34.07 |
Экспериментально полученное значение энергии изомеризации составляет 35.3±2.2 ккал/моль. Таким образом, в данном случае значения энергии, рассчитанные по методу DFT оказались ближе к реальным.