Московский Государственный Университет имени М.В.Ломоносова Факультет Биоинженерии и Биоинформатики Учебный сайт Сеферяна Мелика

Полезные ссылки

Cеми-эмпирические вычисления: Mopac.

1. Оптимизация молекулы простейшего профирина - порфина.

Аннотация SMILES порфина : 1.smi

Структура порфина, полученная с помощью obgen 1.mol

Полученная структура не является плоской, что неправильно для ароматических молекул.

Структура порфина, полученная с помощью Mopac 1_opt.pdb

Видно, что данная структура, в отличие от первой, является плоской.

2. Расчет возбужденных состояний порфина и спектра поглощения молекулы

С помощью программы Mopac были определены энергии возбужденных состояний молекулы порфина, на основании которых были получены длины волн, на которых происходит поглощение света.

Файл со значениями энергии возбужденных состояний.

Длины волн на которых происходит поглощение:

Энергия (эВ)	Длина волны (нм)
1,91	649
2,27	548
2,46	504
2,82	440
3,36	369
3,39	366
3,67	338
3,87	321

Данный расчет позволяет лишь оценить положение максимумов поглощения чистого вещества и не дает информации о том, насколько сильно происходит поглощение, кроме того на реальный спектр поглощения может влиять растворитель, кислотность среды и т.д, что также не учитывается при расчете.

3. Оптимизация парабензохинона

Для молекулы O=C1C=CC(=O)C=C1 была определене геометрия с помощью obgen 2.mol и Мopac 2_opt.pdb.

Сравним структуры

Желтым цветом обозначена структура, полученная Mopac, синим - obgen.

Видно, что длины связей в структуре, полученной Mopac немного больше, чем в полученной obgen. Хотя это отличие совсем незначительное.

Оптимизация дианиона этой молекулы. Указав расположение зарядов в молекуле, с помощью Mopac была получена структура дианиона парабензохинона dianion.pdb.

Сравним полученную структуру со структурой незаряженой молекулы (обе получены с помощью Mopac).

Желтым обозначена незаряженная молекула, зеленым - дианион.

Можно отметить, что молекула немного сжалась в направлении, перпендикулярном линии, соединяющей кислороды, кроме того увеличилась длина связи C-O.