Тетрануклеотид TCAG

Остальные результаты выполнения заданий седьмого практикума (работа с ChemSketch) можно увидеть здесь

Были "нарисованы" структуры нуклеозидов уридина и псевдоуридина (отличаются типом атома основания, присоединяющкегося к первому углероду рибозы и, соответственно, видом связи: у уридина – N-гликозидная, у псевдоуридина – гликозидная).

Кроме того, для каждой возможной пары "пурин-пиримидин" (A–T, A–C,G–T,G–C) изобразили различные варианты взаимодействия с помощью водородных связей. Для неканонических получили несколько вариантов, выбрали лучшие (обозначены знаком "плюс в круге" в документе ChemSketch). Сравнили получившиеся наилучшие для каждой пары оснований взаимодействия (две канонических, или "уотсон-криковских" пары A–T и G–C, оставшиеся – неканонические) и поняли, что наиболее выгодны (образуют большее число водородных связей, то есть, попросту говоря, крепче связаны) канонические пары, особенно пара G–C. В ней гуанин контактирует с цитозином посредством образования трех связей. В паре A–T две связи, а в неканонических – всего по одной (непрочное взаимодействие). Однако нельзя утверждать, что существование пар последнего типа в реальности невозможно. Конечно, сложно предствить полинуклеотид, взаимодействия в котором только неканонические; однако "вкрапления" не-уотсон-криковских пар вполне возможны (особенно в РНК). Кроме того, такие (и даже более необычные, см последнюю страницу документа) взаимодействия зачастую очень важны при формировании вторичной и третичной структуры полинуклеотида (чаще всего РНК).