Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

  1. Поиск нужного термина в словарях GO
  2. Задана локализация белка - cytoplasm.

  3. Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO
  4. Из Swissprot была получена запись, соответствующая белку C43BP_HUMAN (АС: Q9Y5P4).

    Онтология GO (название словаря) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос
    Где? cellular component (клеточный компонент) 2 Располагается в эндоплазматическом ретикулуме и аппарате Гольджи.
    Зачем, для чего? biological process (биологический процесс) 3 Белок вовлечен в процессы имунного ответа, липидного транспорта и фосфорилирования аминокислот, входящих в состав белков.
    Молекулярный механизм? molecular function (молекулярная функция) 2 Связывается с белками и обладает киназной активностью
    Специфичность?      

  5. Создание больших выборок белков с определенными функциями

    Протеом Bos taurus. Результаты поиска в UniProt, 25.05.2009г.

    Количество записей Запрос
    Всего из данного организма 5711 Organism name: Bos taurus
    С идентификаторами всех трёх онтологий GO ОШИБКА Organism name: Bos taurus Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:
    В том числе (укажите Вашу группу) ОШИБКА Organism name: Bos taurus Links:DBxref - GO:&P:&F:&C: Organelle - cytoplasm
    В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS) ОШИБКА Organism name - Bos taurus, Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS: , Organelle - cytoplasm
    В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS) ОШИБКА Organism name - Bos taurus, Links:DBxref - GO:&P:&F:&C:|EXP:|IDA:|TAS: , Organelle - cytoplasm
Главная страница
Первый семестр
Второй семестр
Третий семестр

©Арутюнов Артём

©Photo exclusiely made by myself :)

©Я в контакте