Эволюционная модель

Построение дерева, заданного формулой

Дерево, модель A
      Дерево, модель A, было построено по скобочной структуре: ((А:30,В:30):70,(((Е:20,F:20):5,D:25):30,С:65):35);
     Расстояния на дереве слева указаны в количестве мутаций на 100 остатков. Впоследствии расстояния были пересчитаны на длину гена белка CHEY_ECOLI.
     Длина гена (AAG56872) белка CHEY_ECOLI составляет 390 нуклеотидов.
     Полученное дерево ультраметрическим не является, потому что его невозможно переукоренить так, чтобы расстояния от всех листье до корня были одинаковыми. Этому мешает последовательность C.
     Описание топологии изображенного дерева:
	         A B C D E F
	ветвь №1 * * . . . .
        ветвь №2 * * * . . .
        ветвь №3 * * * * . .

Другие способы изображения полученного дерева

"Звездообразное" дерево
 Дерево в виде укорененной прямоугольной кладограммы, модель B
                      +------A
	              | 
	  +-----------5
	  |           | 
          |           +------B                                
          |                                                   
          |           +------E                                
         *1           |                                       
          |     +-----4                                       
          |     |     |                                       
          |  +--3     +------F
          |  |  |            
          +--2  +------------D
             |
             +---------------C

Переукоренение дерева

Выбор корня
 Прямоугольная укорененная филограмма, вариант B
     Над ветвями указаны расстояния в количестве мутаций на 100 нуклеотидов.
                                       30     
                                    +------A  
                105                 |         
              +---------------------5         
              |                     | 30      
              |                     +------B  
              |
              |
           15 |
          +---2
          |   |
          |   |     65
          |   +-------------C
          |
          |       20
          *     +----E
          |    5|       
          |   +-4       
          |15 | |  20   
          +---3 +----F
              | 25
              +-----D
     Дерево, модели B, не является ультраметрическим по той же причине, что и А. Топология у дерева после переукоренения не изменилась. Скобочная структура стала следующей: (((А:30,В:30):105,C:65):15,((Е:20,F:20):5,D:25):15);

Создание последовательностей, отвечающих данной модели эволюции
Условные обозначения элементов дерева,
использующиеся в скрипте
     Последовательности были созданы на основе записи AAG56872, гена белка CHEY_ECOLI. Для внесения мутаций была использована программа msbar пакета EMBOSS. Она использовалась с параметрами "-point 4" и "-auto". Первый из них означает, что программа делает только замены нуклеотидов, а второй позволяет не прописывать больше никаких параметров. Для правильного использования этой программы был создан скрипт. Расстояния между последовательностями были пересчитаны с учетом длины гена.

© Решетов Денис, 2005