На главную
Term4

Филогенетические деревья

Задание 1. Оценка достоверности реконструированной топологии с помощью бутстреп-анализа.

Был проведен бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей, соответствующих листьям исследуемого дерева.
Этапы работы:
  • fseqboot all_ali.fasta -auto - на выходе получаем файл all_ali.fseqboot, содержащий 100 бутстреп-реплик выравнивания;
  • fdnaml all_ali.fseqboot -auto - реконструкция проводилась с помощью программы fdnaml алгоритмом максимального правдоподобия. Файл all_ali.fdnaml, содержащий 100 скобочных формул, соответствующих реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний;
  • fconsense all_ali.treefile -auto - на выходе получаем файл all_ali.fconsense, содержащий результаты бутстреп-анализа.
    Ниже приведено изображение исследуемого дерева, полученное в результате бутстреп-анализа (филограмма) слева и для сравнения истинное исследуемое дерево справа: 
    						+------------F
						!
                +-------------F	                !		          
         +-99.0-|		        +-------*
         |      |      +------D	        !       !     +------E	
         |      +-77.0-|	        !       !     !    
  +------|             +------E	        !       +-----*
  |      |			        !             !
  |      |             +------A	        !             +------D
  |      +--------91.0-|	        !
  |                    +------B	        !       +------------C
  |				        !       !
  +---------------------------C	        !       !
				        +-------*
			        	        !     +------B
          					!     !
          					+-----*
            					!
                				+------A
    Из этих двух схем видно, что по топологии деревья не отличаются. Теперь сравним информацию о ветвях и разбиении на ветви: 
    
ABCDEF         ABCDEF
...***         ***..*            
**....         ***...            
...**.         **....

    Обратим внимания на такой факт, как три цифры на дереве - 99.0, 77.0, 91.0. В принципе все три цифры достаточно большие, что также говорит в пользу бутстреп-анализа (эти цифры показывают, на каком количестве деревьев ветвь присутствовала).
    Т.о. можно говорить о надежности топологии реконструкции дерева и хорошем результате.

    Задание 2. Изображение филогенетического дерева в графическом формате.

    С помощью команды fdrawtree tree.txt tree.ps -auto было получено такое изображение:

    Выходной файл имеет расширение *.ps, был конвертирован с *.jpg. Эта программа визуализирует деревья как неукорененные - а исходное дерево было укорененное. Естесственно, это не очень хорошо характеризует программу. Но зато ветви построены пропорционально эволюционным расстояниям. А это хорошо.

    © Pouliakhina
    All rights reserved