Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Найдите заданное Вам описание локализации белка в таблице (в моем случае ядерная оболочка) (название организма в этом упражнении не нужно). На главном сайте консорциума GO, http://www.geneontology.org, найдите наиболее подходящий термин GO. Подсказка: запрос может состоять из нескольких слов (определяется пересечение) и даже из части слова.

В отчете укажите:

• заданное описание локализации - ядерная оболочка
• выбранный термин GO и его идентификатор-GO:0031965 : nuclear membrane
• название онтологии GO и его перевод на русский-cellular component(компонент клетки)
• определение термина -ядерная мембрана.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Получите полную запись банка Swiss-Prot, описывающую последовательность белка человека. В поле DR найдите и проанализируйте строки, посвящённые терминам GO, ассоциированным с данной записью UniProt. По этим данным опишите функцию заданного белка в таблице следующего вида:

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	C	2	Цитоплазма,ядро
Зачем, для чего?	P	9	JNK каскад;регуляция MAP-киназ,липосахаридов, роста и миграции гладких мыщечных клеток;
Молекулярный механизм?	F	3	Активатор/ингибитор протеин-киназной активности.
Специфичность?	F	2	Cвязывает АТФ Связывание с транскрипционными факторами

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Задание

: Ваша задача — оценить, насколько хорошо аннотированы в UniProt функции белков конкретной группы (группа задаётся организмом и локализацией).

Отчет представить в виде таблицы нижеследующего вида (HTML-формат) и краткого комментария (1–2 фразы).

Протеом Arabidopsis thaliana . Результаты поиска в UniProt, 5.04.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	7876	Organism name: Arabidopsis thaliana
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	4528	Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_: GO:&P:&F:&C:
В том числе (укажите Вашу группу)	5	Organism name: Arabidopsis thaliana
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	5	Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_:(GO:&P:&F:&C:nuclear membrane)&(EXP:|IDA:|TAS:)
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	Organism name: Arabidopsis thaliana DBxref_:(GO:&P:&F:&C:nuclear membrane)&(EXP:|IDA:|TAS:)!(IPI:|IMP:|IGI:|IEP:|ISS|:ISA:|ISM:|IGC:|RCA:|NAS:|IC:|ND:|IEA:|NR:)

 

©Петрова Светлана,2009