Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Классификация функций. Коды ферментов

    Расшифровка кодов ферментов и каждого его пункта на русском и английском языках.
    По данным ресурса International Union of Biochemistry and Molecular Biology.

    Код фермента : EC 4.1.2.13


    EC 4. Lyases

    Lyases are enzymes cleaving C-C, C-O, C-N and other bonds by other means than by hydrolysis or oxidation. They differ from other enzymes in that two substrates are involved in one reaction direction, but only one in the other direction. When acting on the single substrate, a molecule is eliminated and this generates either a new double bond or a new ring. The systematic name is formed according to 'substrate group-lyase'.

    Лиазы - ферменты расщепляющие C-C, C-O,C-N связи, а также некоторые другие при гидролизе или окислении. Отличаются от остальных ферментов,тем что для протекания реакции в одном направлении необходимо два субстра,а в обратном -только один.В случае,когда в реакцию вовлечен только один субстрат молекула отщепляет атом, что влечет образование новой двойной связи или кольца.Систематическое имя дается в соответствии с субстратами, на которые действуют лиазы.

    EC 4.1

    Carbon-Carbon Lyases
    Углерод-углерод лиазы.

    EC 4.1.2 Aldehyde-Lyases

    Тhe aldehyde-lyases catalysing the reversal of an aldol condensation.
    Альдегид- лиазы катализируют реакцию обратную альдольной конденсации.

    EC 4.1.2.13 Fructose-bisphosphate aldolase

    Accepted name: fructose-bisphosphate aldolase
    Reaction: D-fructose 1,6-bisphosphate = glycerone phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate

    Альдолазы -ферменты, обеспечивающие анаэробное расщепление углеводов;
    Принятое название:фруктозодифосфатаза
    Реакция:Превращение D-фруктозо-1, 6-дифосфат в D-глицеральдегид-3-фосфат и диоксиацетонфосфат.

    Дополнительную информацию можно получить из баз данных BRENDA и EcoCyc - ссылки на них приводятся на странице, посвященной Вашему коду фермента. Например, здесь.

  1. Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    2. Данное задание необходимо, чтобы определить, всегда ли гомологичны белки с одинаковой функцией в далеких организмах. Для этого следует найти с помощью SRS в базе UniProt фермент с заданным кодом в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека.

    Запрос:

    Organism name: Escherichia coli|Aeropyrum pernix|human
    EC Number : 4.1.2.13
    (В организме Methanococcus jannaschii заданных ферментов не обнаружено, поэтому взята другая архея -Aeropyrum pernix)

    Число указанных ферментов в каждом из трех организмов :

    В Escherichia coli K-12 найдено 2 белка:
    - P0A991
    - P0AB71
    В человеке 3 белка
    - P04075
    -P05062
    - P09972
    В археи Aeropyrum pernix
    -Q9YG90

    2.
    Результаты исследования представлен виде таблицы:

        Фермент 1 (Escherichia coli K12, AC:P0A991) Фермент 2 (Escherichia coli K12, AC P0AB71) Фермент 3 (Aeropyrum pernix, AC Q9YG90 ) Фермент 4 (Human, AC:P04075 ) Фермент 5 (Human, AC:P05062 ) Фермент 6 (Human, AC:P09972 )
      Идентификатор, название домена Pfam Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности
    Домен 1 DeoC (PF01791)  68-326    22-244      
    Домен 2 F_bP_aldolase (PF01116)    14-359        
    Домен 4  Glycolytic (PF00274)        15-364  15-364  15-364
    Вывод: Как видно,в основном,белки с разнами доменами (т.е не гомологичные) выполняют одниковую функцию не только в пределах одного класса, а также в пределах одного организма.
    Доменные структуры были вырезаны при помощи инструмента SeqretP на сайте SRS . Выравнивание доменов не отличается особой консервативностью. Таким образом домены, отвечающие за ферментативную активность, по-видимому, не гомологичны одну