Работа с системой PubMed

Общая информация.

PubMed является интерфейсом к базе данных MedLine.

Для удобства тематического поиска и анализа биомедицинской информации, все журнальные статьи в Index Medicus и Medline проиндексированы по определенным ключевым словам или терминам, которые включены в специальный словарь под названием "Medical Subject Headings" (MESH).

По умолчанию, поисковая система PubMed автоматически производит картирование терминов введенных Вами в строку выражения для поиска. Картирование заключается в том, что программа ищет соответствие между терминами введенными пользователем, и терминами, которые являются стандартными и содержатся в нескольких справочниках или словарях PubMed. Поиск и сравнение происходит последовательно по четырем справочникам. Прежде всего - это словарь MESH, о котором уже было упомянуто, затем словарь названий журналов, затем словарь фраз и уже затем - индекс авторов.

Словарь MESH основан на языке UMLS (Единая система медицинского языка), который имеет синонимы или лексические варианты английского языка для стандартных медицинских терминов. В результате картирования, в окончательное выражение для поиска попадают не только введенные Вами термины, но и их синонимы и стандартные термины, а также термины, описывающие более частные детали, которые в древовидной структуре MESH ответвляются от заданного термина. Окно просмотра словаря MeSH (доступно через ссылку в левой части экрана) можно использовать для того, чтобы найти нужные Вам термины.

Выполнение упражнений.

1.Поиск статей,в которых упоминается полное название белка Pyrd_Ecoli.

Вводимый запрос.(Описание из поля DE) Количество найденных ссылок.
Search Dihydroorotate dehydrogenase 330
Search Dihydroorotate dehydrogenase AND EC 1.3.3.1 16
Search Dihydroorotate dehydrogenase AND EC 1.3.3.1 AND Dihydroorotate oxidase 7
Search Dihydroorotate dehydrogenase AND EC 1.3.3.1 AND Dihydroorotate oxidase AND DHOdehase[Title/Abstract] 1

2. Результаты поиска по 3 синонимам. Файл содержит описание найденных статей по данному запросу.

3.

Из списка найденных статей я выбрала вторую,т.к именно она является единственной статьей,определяемой в запросе по 4 синонимам.
Название статьи- Localization of dihydroorotate oxidase in myocardium and kidney cortex of the rat. An electron microscopic study using the cerium technique.
Авторы -Angermuller S, Loffler M.
Аннотация к статие.
Результаты поиска статей Loffler M за последние 3 годаВсего найденных статей 23.

4.Поиск ссылок об опоясывающем лишае.

Слово shingles PubMed переводит в MeSH-термин как "herpes zoster",и ищет в соотвествии с полседним.Если задать строгиу поиск слова "shingles" ,то количество найденных статей будет меньше,т.к это слово не являестся специальным термином, и следовательно реже употребляеться в научных статьях.
Вводимое слово. Query Translation Количество найденных ссылок.
shingles ("herpes zoster"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "herpes zoster"[MeSH Terms] OR shingles[Text Word]) 8267
shingles[MeSH Terms] "herpes zoster"[MeSH Terms] 7932
"shingles" "shingles"[All Fields] 526

Первая страница результатов поиска в виде последовательный аннотаций

5.Поиск ссылок на публикации о кровотечении из носа (nosebleed) при гипертонии (hypertension).

Вводимое слово. Query Translation Количество найденных ссылок.
nosebleed AND hypertension ("epistaxis"[TIAB] NOT Medline[SB]) OR "epistaxis"[MeSH Terms] OR nosebleed[Text Word]) AND ("hypertension"[MeSH Terms] OR hypertension[Text Word]) 133
epistaxis[MeSH Terms] AND hypertension[MeSH Terms] "epistaxis"[MeSH Terms] AND "hypertension"[MeSH Terms] 100
"nosebleed" AND "hypertension" "nosebleed"[All Fields] AND "hypertension"[All Fields] 13
PubMed распознал термин "nosebleed" как "epistaxis"
Полученные в результате первого поиска ссылки.
Полученные в результате второго поиска ссылки.

6.Поиск ссылок на публикации о генетически модифицированной еде (genetically modified food).

Вводимое слово. Query Translation Количество найденных ссылок.
genetically modified food "food, genetically modified"[MeSH Terms] OR genetically modified food[Text Word]) 717
"food, genetically modified"[MeSH Terms] "food, genetically modified"[MeSH Terms] 682
Результаты поиска в виде списка аннотаций.

7. Поиск информации о болях в зубах мудрости.

Вводимое слово. Query Translation Количество найденных ссылок.
wisdom tooth AND pain "third molar"[Text Word] OR "molar, third"[MeSH Terms] OR wisdom tooth[Text Word]) AND ("pain"[MeSH Terms] OR pain[Text Word] 726
Определение"зубы мудрости" согласно MeSH - "third molar"

7.Не отражена функция Clipboard. При помощи этой опции можно отбирать интересующие статьи из нескольких поисков.(далее,например,можно проводить сортировку уже только среди них).Для добавления интересующей статьи ее нужно отметить галочкой и нажать Clip Add, для удаления-Clip Remove.

Второй семестр Первый семестр

Главная страница

©Петрова Светлана,2007