ФББ
страница курса биоинформатики

Работа в SRS

Группы банков данных

Банк данных Группа

MedLine Literature, Bibliography and Reference Databases

UniProtKB UniProt Universal Protein Resource

UniRef100 UniProt Universal Protein Resource

EMBL Nucleotide sequence databases

PDB Protein function, structure and interaction databases

Таксон "гамма-протеобактерии"

Латинское название таксона gammaproteobacteria

Количество документов в Swiss-Prot 43434

Запросы

Цель Строка запроса Количество найденных документов

Найти белок TRPC_ECOLI,используя AC P00909 1

Найти все белки в таксоне gammaproteobacteria, имеющие сходное описание с белком TRPC_ECOLI Taxonomy: gammaproteobacteria Description: Tryptophan biosynthesis protein trpCF 14

Найти все белки в организмах Yersinia pestis и Vibrio cholerae, имеющие сходное описание с белком TRPC_ECOLI Organism: (Yersinia pestis) | (Vibrio cholerae) Description: Tryptophan biosynthesis protein 3

Повтор упражнения 1 задания 1 ID: trpc & e & coli 6

Найти все статьи Неймаха А. А. В 1970-х годах Year: 1970:1980 Authors: neifakh,a.a. 10

Описание выборки

№ ID AC Организм Таксон

1 TRPC_BUCAI P57366 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP ACYRTHOSIPHON PISUM ACYRTHOSIPHON PISUM SYMBIOTIC BACTERIUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA

2 TRPC_BUCAP P42393 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP SCHIZAPHIS GRAMINUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA

3 TRPC_BUCBP P59459 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP BAIZONGIA PISTACIAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA

4 TRPC_BUCDN O68427 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP DIURAPHIS NOXIA BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA

5 TRPC_BUCSC Q44603 BUCHNERA APHIDICOLA SUBSP SCHLECHTENDALIA CHINENSIS BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE BUCHNERA

6 TRPC_ECO57 Q8X7B7 ESCHERICHIA COLI O157:H7 BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA

7 TRPC_ECOLI P00909 P78059 P78234 P94704 ESCHERICHIA COLI BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE ESCHERICHIA

8 TRPC_HAEIN P46451 HAEMOPHILUS INFLUENZAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE HAEMOPHILUS

9 TRPC_PASMU P57855 PASTEURELLA MULTOCIDA BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA PASTEURELLALES PASTEURELLACEAE PASTEURELLA

10 TRPC_SALTI Q8Z7D9 SALMONELLA TYPHI BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA

11 TRPC_SALTY P00910 SALMONELLA TYPHIMURIUM BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE SALMONELLA

12 TRPC_VIBCH Q9KST5 VIBRIO CHOLERAE BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO

13 TRPC_VIBPA P22098 VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA VIBRIONALES VIBRIONACEAE VIBRIO

14 TRPC_YERPE Q8ZEG8 YERSINIA PESTIS BACTERIA PROTEOBACTERIA GAMMAPROTEOBACTERIA ENTEROBACTERIALES ENTEROBACTERIACEAE YERSINIA

Таксоны в банке Swiss-prot, начинающиеся на ga:

gadidae gadiformes gadus gaeumannomyces gagea galactomyces galagidae galago galagoides galanthus galbulimima galdieria galea galeana galegeae galemys galeocerdo galeoidea galeomorphii galeorhinus galerella galeus galictis galidia galidictis galidiinae galinsoga galium galleria galleriinae galliformes gallinula gallirallus gallus gambusia gammaherpesvirinae gammapapillomavirus gammaproteobacteria gammaretrovirus gammaridea ganoderma ganodermataceae gardnerella garrodia garrya garryaceae garryales gasterosteidae gasterosteiformes gasterosteus gastrophysa gastropoda gaultheria gaultherieae gazella

Дополнительные задания:

№2

а)В отличии от PubMed, в котором было найдено 42 статьи, в MEDLINE было найдено только 6 статей. По моему мнению, результаты в MEDLINE намного точнее чем в PubMed. б)Круг интересов Нейфаха А. А. заключался в изучении перехода РНК из ядра в цитоплазму а эмбрионах.
Скачать протокол работы

На главную страницу

© Кирилл Довгань phoenix-wright@kodomo.fbb.msu.ru