На главную страницу
На главную страницу четвертого семестра

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Дополнительные упражнения

  1. Описание связей между терминами в онтологиях GO

    2. Рассмотрим связи терминов, ассоциированных с AROE_ECOLI.

    На схеме присутствуют связи двух типов: "is a" (A ⊂ B) и "part of a" (A – часть B ("физически", а не множества)), окрашенные черным и красным соответственно. Примером связи первого типа может быть связь (1). Действительно, все возможные процессы биосинтеза ароматических аминокислот являются процессами биосинтеза аминокислот в общем. А связь (2) – part of a (процесс биосинтеза ароматических аминокислот по шикимат-пути входит в метаболизм фенилпропаноида, но но не в любой клетке метаболизм фенилпропаноида идет через биосинтез ароматических аминокислот).
    Каждый термин может быть соединен с несколькими родительскими терминами. Например, термин "процессы биосинтеза ароматических аминокислот" (GO:0009073) связан с тремя терминами: "метаболизм ароматических аминокислот" (GO:0009072), "процессы биосинтеза аминокислот" (GO:0008652) и "биосинтез ароматических соединений" (GO:0019418).

  2. Описание функции белка в БД EcoCyc

    3. В БД EcoCyc найдена дополнительная информация о белке AROE_ECOLI.

      Онтология GO (имя) Краткий ответ на вопрос Краткий ответ на вопрос
    Где? --- нет данных нет данных
    Зачем, для чего? process Биосинтез ароматических аминокислот, шикимат-путь Одна из реакций биосинтеза хоризмовой кислоты и ее производных (синоним "биосинтез ароматических аминокислот")
    Молекулярный механизм? function Белок проявляет шикимат-5-дегидрогеназную активность, есть НАДФ- и протеин-связывающие сайты Катализ НАДФ-связанной редукции 3-дегидро-шикимата; отщепляет стереоспецифичный (около хирального центра) протон от НАДФа со стороны аденина
    Специфичность? function Шикимат (Shikimate) 3-дегидро-шикимата + НАДФ

  3. Исследование качества аннотации группы белков в UniProt

    4. С помощью SRS проведен поиск в БД UniProt белнов с данными обоснованиями из Caenorhabditis elegans, локализованных в рибосоме.

    Запрос:

    (([uniprot-Species:Caenorhabditis*] & [uniprot-Species:elegans*]) & [uniprot-DBxref_:C:ribosome*])

    Найдено 46 записей, они сохранены в файле. Далее проведен поиск (программа grep) заданных кодов подтверждения. Из 147 (141 достоверная) аннотаций 139 – компьютерные, причем все малодостоверные (IEA), и всего 2 – экспериментальные (функция: протеин-связывающие).

    Таким образом, подавляющее большинство аннотаций полученно малодостоверным компьютерным методом. Это может говорить о том, что данные белки малоинтересны для ученых, или их сложно исследовать экспериментально (исследуют похожие белки других, более "удобных" организмов, а затем компьютерными методами аннотируют белки из данной группы).

©Семенюк Павел