Взаимодействия между белками и нуклеиновыми кислотами.
Третий Семестр
Задание 1.ДНК-белковые взаимодействия.
Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1HW2.pdb
| Контакты атомов белка с ДНК. | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 7 | 1 | 8 |
| остатками фосфорной кислоты | 15 | 0 | 15 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 11 | 21 | 32 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 2 | 47 | 49 |
Болше всего контактов между белком и остатками азотистых оснований. Вероятно, это связано со специфичностью данного белка к определенной последовательности ДНК.
Полярных котнактов больше со сторны большой бороздки, а неполярных со стороны маленькой.
Результаты nucplot
 |  |
| Больше всего контактов образует Arg49:B.(4 контакта, не образует ни одной вордородной связи) | Остаток Arg35 - один из наиболее важных для распознавания последовательности ДНК, т.к. образует больше всего связей с азотистыми основаниями. |
 |  |
Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.
Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1EIU.pdb
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) |
Результаты предсказания с помощью einverted |
Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 5' 1 - 7 3' 5' 66 - 76 3' Всего 7 пар |
предсказано 7 пар из реальных 7 | 7 |
| D-стебель | 5' 10 - 25 3'
4 пары + 2 с Т-стеблем + 2 с антикодоновым стеблем |
0 | 4 |
| T-стебель | 3' 49 - 65 5'
5 пар + 2 с D-стеблем |
0 | 5 |
| Антикодоновый стебель | 3' 26 - 45 5'
2 пары с D-стеблем |
0 | 5 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 20 пар | 7 | 21 |
Результат предсказания вторичной структуры с помощью алгоритма Зукера. 