Занятие №7
Классификация функций. Коды ферментов

  1. Значение кода фермента

    2. Фермент EC 2.3.1.12.
    2 - > Transferase (Трансфераза)
    2.3 - > Acyltransferases (Ацилтрансфеазы)
    2.3.1. -> Transferring groups other than amino-acyl groups (Осуществляют перенос групп отличных от амино-ацильных)
    2.3.1.12 - > Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase (ацетилтрансфераза остатка дигидролипоиллизина).

  2. Сравните последовательности ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

    3. По базе UniProt необходимо было найти фермент с заданным кодом в трех организмах: бактерии Escherichia coli K-12, археи Methanococcus jannaschii и человека. Однако для предпоследнего организма такого фермента не нашлось. Перебрав множество других геномов из того же царства я также не обнаружил данного фермента. Для поиска были использованы следующие запросы:
    ((([uniprot-AllText:Escherichia*] & [uniprot-AllText:coli*]) | [uniprot-AllText:Escherichia coli*]) & (([uniprot-AllText:EC*] & [uniprot-AllText:2.3.1.12*]) | [uniprot-AllText:EC 2.3.1.12*]))
    ((([uniprot-AllText:EC*] & [uniprot-AllText:2.3.1.12*]) | [uniprot-AllText:EC 2.3.1.12*]) & [uniprot-Organism:Human*])

    Таблица 1. Домены, ответственные за ферментативную активность:
        HUMAN,P10515 Ecoli,P06959 -
      Идентификатор, название домена Pfam Положение в последовательности Положение в последовательности Положение в последовательности
    Домен 1 PF00364 59-133 3-74 -
    Домен 2 PF00364 186-260 106-177  
    Домен 2 PF00364 - 207-278 -
    Домен 3 PF02817 320-358 325-363 -
    Домен 4 PF00198 384-614 397-630 -

Результаты сравнения последовательностей


Выравнивание двух данных последовательностей лежит здесь.Таким образом, можно заключить, судя по значения Score и E-value, что данные последовательности можно считать гомологичными, хотя результаты не самые высокие. Выравнивание самого большого домена PF00198 человека и Ecoli показали приблизительно такие же результаты. Можно сделать вывод, что в общем белки гомологичны.
Если Вы справились с обязательными заданиями, можете попробовать выполнить дополнительные.