Занятие 6. Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO

Поиск нужного термина в словарях GO

Заданный белок из организма Rattus norvegicus располагается в мембране ЭПР. Поэтому для поиска по GO использовался термин endoplasmic reticulum membrane.
• заданное описание локализации - membrane.
• выбранный термин GO и его идентификатор - endoplasmic reticulum membrane, GO:0005789.
• название онтологии GO и его перевод на русский - cellular component - клеточный компонент.
• определение термина (в переводе на русский) - The lipid bilayer surrounding the endoplasmic reticulum - липидный бислой, окружающий ЭПР.

 

Описание функции конкретного белка с помощью терминов GO

Данные по последовательности NRBP_HUMAN(Q9UHY1). Определение функций белка с помощью GO.

	Онтология GO (название словаря)	Количество ассоциированных терминов GO	Краткий ответ на вопрос
Где?	Component	3	В выростах клетки Эндомембранная система
Зачем, для чего?	Function	3	Связывание АТФ Белковая гомодимеризационная активность Протенкиназная активность
Молекулярный механизм?	Process	2	Везикулярный транспорт от ЭПР к Гольджи Фосфорилирование аминокислот белков

Создание больших выборок белков с определенными функциями
(поиск по идентификаторам GO в UniProt с помощью SRS)

Протеом организма Rattus norvegicus. Результаты поиска в UniProt, 27.05.2009 г.

	Количество записей	Запрос
Всего из данного организма	16391	(([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*])
С идентификаторами всех трёх онтологий GO	7218	((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & (([uniprot-DBxref_:p:*] & [uniprot-DBxref_:f:*]) & [uniprot-DBxref_:c:*]))
В том числе с C:endoplasmic reticulum membrane	280	((([uniprot-Organism:Rattus*] & [uniprot-Organism:norvegicus*]) | [uniprot-Organism:Rattus norvegicus*]) & ((([uniprot-DBxref_:C:endoplasmic*] & [uniprot-DBxref_:reticulum*]) & [uniprot-DBxref_:membrane*]) | [uniprot-DBxref_:C:endoplasmic reticulum membrane*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды EXP, IDA или TAS)	0	(((([swissprot-DBxref_:c:endoplasmic*] & [swissprot-DBxref_:reticulum*] & [swissprot-DBxref_:membrane*]) | [swissprot-DBxref_:c:endoplasmic reticulum*]) & ([swissprot-DBxref_:exp*] | [swissprot-DBxref_:ida*] |[swissprot-DBxref_:tas*])) & (([swissprot-OrganismHostName:Rattus*] & [swissprot-OrganismHostName:Norvegicus*]) | [swissprot-OrganismHostName:Rattus Norvegucus*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только EXP, IDA или TAS)	0	-


Вывод : функции белков Rattus Norvegicus аннотированы плохо, т. к. нет ни одного хорошего доказательства функции.