| Выравнивание последовательностей | ||||
| :Главная :Семестры :Сайт ФББ | ||||
|
1.При помощи программы GenDoc были выровнены последовательности: TSLLTATLKFDGDITVQLQ и CTSLTATMKFDGDITVQLQ Результат был отредактирован(добавился один гэп, но количество совпадений стало максимально). Результаты выравнивания здесь Процент идентичности-85% Процент сходности-90% 2.При использовании bl2seq возникли некоторый трудности.Последовательность белка P0A6Y5 не выравнивалась с короткой последовательностью.Было замечено,что если перед участком белка,которые сходны с короткой последовательнотью, удалить аминокислотные остатки (часть можно и оставить),то последовательности выравниваются, иногда даже не до конца.Если же убрать флажок Filter в окне настроек выравнивания, то результат получается полный.Итак,в результате выравнивания последовательности seq1 с последовательностью моего белка было установлено,что эта часть моего белка имеет координаты начала и конца,соответственно, 52 и 70.Также был выровнен мой белок P0A6Y5(из Escherichia coli(strain K12)) c выданным Q8ZJG8 (Yersinia pestis).Для данного выравнивания результаты таковы:процент идентичности-71%,процент сходства-86%,1 гэп,координаты выровненного участка в первой последовательности-с 1 аминокислоты по 292,во второй- с 1 по 293. Карта локального сходства для данного выравнивания:  |
||||
| ©Кирилин Евгений,2007 | ||||