|
|
|
Мотивы, паттерны и профили
- Создание паттернов аминокислотных последовательностей
- HTML-файл с выбранным фрагментом выравнивания, по которому строились паттерны здесь
- Таблица1.Патерны,по которым проводился поиск
Был проведён поиск по базе данных Swiss-Prot по трём запросам:
1)Сама последовательность.
2)Сильный её паттерн
3)Ослабленный паттерн (было удалено по одной позиции слева и справа, позиции,в которых были возможны 5 аминокислот были ослаблены путём разрешения в этих позициях любыхостатков,такие позиции как [DEKQ](т.е. допускаются гидрофильные остатки) заменены на {IL}(запрет на гидрофобные)(также [IV](гидрофобные) на {DE}(запрет на гидрофильные))).
- Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке HSLO_Ecoli
- Построение PSSM и определение веса последовательности по полученной матрице
- Фрагмент выравнивания, по которому строилась PSSM лежит здесь
- Выходные файлы использованных программ:
prophecy:здесь
profit:здесь
- При помощи программ пакета EMBOSS prophecy и profit соответственно была построена PSSM и посчитаны по ней веса последовательностей выравнивания.Запрос программы "Enter threshold reporting percentage" означает ввод минимального значения веса,допустимого для данной выборки последователностей выравнивания.
|
|