|
|
|
Построение множественного выравнивания
- Выбранные гомологичные последовательности.Файл all.fasta лежит здесь.
- Выравнивание с помощью программы emma. Выходной файл здесь
- Выравнивание с помощью программы muscle. Выходной файл здесь
- Матрица попарного совпадения последовательностей, получена на основе множественного выравнивания с помощью программы GenDoc. Файл с матрицей лежит здесь
- Сравнение 2-х множественных выравниваний. При сравнении были сделаны следующие выводы: мнения программ относительно остатков,входящих в колонки с консервативностью 100%(выделены красным цветом), полностью совпадают, практически совпадают выравнивания по колонкам с консервативностью 70%(выделены голубым цветом),однако в этом диапозоне уже встречаются некоторые различия,вызванные тем,что программы по-разному строят колонки с меньшей консервативностью,т.е.колонки с консервативностью 70-100% определяются практически единственным образом, колонки же с меньшей консервативностью варьируют.Выравниванием этих участков и отличатся программы,напр. muscle и emma.Сравнение выравнивание лежит здесь.
- Сравнение оптимального попарного выравнивания последовательностей HSLO_HAEIG и HSLO_NITOC с их попарным выравниванием.В данном случае все три
программы также выдали одинаковые столбцы,консервативные на 100%,но начиная с 184 остатка консервативные
на 100% столбцы для needle оказываются смещёнными влево(по-видимому в попарных выравниваниях muscle и emma понадобился гэп).Также есть
несколько различий в выравнивании неидентичных столбцов,в общем же картина одина
кова во всех трёх программах.Файл с выравниванием лежит здесь
|
|