|
|
|
Семейства доменов
Доменная организация белка HSLO_ECOLI
В результате поиске в базе данных Pfam доменной организации белка HSLO_ECOLI были получены следующие результаты:
Cхематическое изображение доменной структуры HSLO_ECOLI
Пространственная структура HSLO_ECOLI с отмеченным на ней доменом HSP33(1hw7 в Protein Data Bank,выделено зелёным цветом)
Таблица1. Домены в последовательности HSLO_ECOLI.
|
Идентификатор Pfam
|
Название записи
|
Полное название домена
|
Положение в последовательности HSLO_ECOLI
|
|
PF01430
|
HSP33
|
Белок теплового шока
|
4-274
|
Описание N-концевого домена белка HSLO_ECOLI
HSP33 - молекулярный шаперон,отличающийся от других известных белков такого типа способом функциональной
регуляции.Его активность зависит от окислительно-восстановительных свойств
среды. Сосредоточен в цитоплазме. Имеет высоко активные цистеиновые остатки,быстро реагирующие на изменения в редокс окружении. Окислители,напр. такие как пероксид водорода H2O2, могут вызывать
образование дисульфидных связей, индуцирующих процесс активации его функции шаперона.
Таблица2.Организмы, в которых найдены белки с доменами PF01430
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF01430
|
| Эукариоты |
Растения |
3 |
| Грибы |
2 |
| Животные |
- |
| Бактерии |
Aquificae |
1 |
| Actinobacteria |
2 |
| Proteobacteria |
231 |
| Spirochaetes |
5 |
| Firmicutes |
128 |
| Cyanobacteria |
26 |
| Thermotogae |
4 |
| Fusobacteria |
2 |
| Deinococcus-Thermus |
4 |
| Археи |
- |
- |
- Всего белков с доменами PF01430 известно 408.
- Чаще встречается PF01430, как единственный домен в белке (405), чем этот же домен встречается в белках в сочетании с другими доменами (всего 3).
- Случаи дупликации домена PF01430 неизвестны.
- Случаи перестановки 2-х доменов местами, если один из них PF01430, неизвестны.
Мотивы в аминокислотной последовательности HSLO_ECOLI по данным БД InterPro
 HSP33
 Heat_shock_Hsp33
 Heat_shock_Hsp33_N
 Heat_shock_Hsp33_N
 Heat_shock_Hsp33_C
Таблица3.Мотивы в белке HSLO_ECOLI по данным БД InterPro
|
Название подписи
|
Положение в последовательности HSLO_ECOLI
|
Полное название базы данных
|
* Название
организации, поддерживающей данную БД.
|
* Город
и страна
|
|
HSP33
|
4-274
|
Pfam
|
Sanger Institute
|
-
|
| Heat_shock_Hsp33 |
1-284 |
PIRSF |
Protein information resource |
Washington, DC, USA |
| Heat_shock_Hsp33_N |
4-229 |
Gene3D |
CATH |
- |
| Heat_shock_Hsp33_N |
4-232 |
SUPERFAMILY |
SUPERFAMILY |
- |
| Heat_shock_Hsp33_C |
230-286 |
Gene3D |
CATH |
- |
|
|