Зачётное задание по блоку 2
	:Главная   :Семестры   :Сайт ФББ
			Зачётное задание по блоку 2 Основной целью задания является сравнение автоматического и биологического выравниваний. В связи с этим были построены: А) Полное выравнивание при помощи программы needle пакета Emboss,установленного на сервере kodomo. Причём формат файла с выравниванием-msf.Файл с результатами выравнивания здесь. Б) Биологически обоснованное выравнивание путём наложения трёхмерных структур друг на друга в программе RasMol.Причём идентичные и сходные аминокислоты в двух цепях в выравнивании с стоят друг под другом и при совмещении их альфа-углеродные атомы расположены друг от друга на расстоянии не более двух ангстрем,против остальных же - гэпы.При совмещении структур наложились альфа-углеродные атомы аспарагина-26 цепи А и атомы глицина-28 цепи В,но такое совпадение сомнительно, т.к. ни до ни после этих остатков совпадений нет.Файл с результатами выравнивания здесь. Заметны существенные различия в выравниваниях bio и auto не только в количестве сопоставленных остатков, но и в самих сопоставленных остатках.Автоматическое выравнивание ссылается на таблицы и здесь важно сопоставить как можно больше остатков при наименьшем количестве гэпов,что вступает в противоречие с биологически осмысленным выравниванием(напимер,для auto сопоставлены аспарагин-25 в цепи А и аспарагиновая кислота-30 цепи В,в биологически обоснованном же выравнивании они не сопоставляются,т.к. находятся на большом расстоянии друг от друга). Для биологически обоснованного выравнивания: Cуммарная длина участков выравнивания(процент от общего числа позиций выравнивания) Число(процент)совпадающих остатков Число(процент) функционально сходных остатков 41(74,5%) 26(47,3%) 5(9%)
©Кирилин Евгений,2007