|
|
|
Исследование бета структуры.
Были выбраны для исследования бета-тяжи:
первый-166(LYS)-176(VAL), соответствующее обозначение-sheet1,
второй-154(THR)-163(VAL),соответствующее обозначение-sheet2.
Для определения выбранных структур был создан скрипт - ss.spt.
Изображение остовной структуры всего белка с наложенным
на него изображением выбранных элементов в ленточной (cartoons) модели (выделено красным цветом)
Были определены:
| среднее значение phi в пределах данной пары тяжей:
|
-114,3 |
| среднее значение psi в пределах данной пары тяжей: |
129,7 |
А также их максимальное и минимальное значения:
| Угол |
Максимальное значение |
Минимальное значение |
| phi |
177,9 |
-170,1 |
| psi |
173,3 |
-171,5 |
Изображением паттерна водородных связей между остовными атомами бета-тяжей 3 и 4 с подписанными глицин170 и аргинин159
Вывод: в данном случае водородные связи наблюдаются между атомами азота и кислорода.
Причём,если водородными связями связаны азот или кислород i-ого остатка,то атомы кислорода
и азота i+2 и i-2 остатка также будут связаны водородными связями.
Контакты с остальной частью молекулы наглядно можно представить на рисунке:
Таблица. Контакты выбранных бета-структур с остальной частью цепи А белка из записи PDB 1HW7.
|
Имя атома остатка бета-структуры
|
Имя контактирующего атома
|
Расстояние в ангстремах |
Предположительная природа контакта
|
|
ALA169A.O
|
VAL26A.N
|
3,02 |
Водородные связи?
|
|
GLN175A.N
|
ARG20A.O
|
2,98 |
Водородные связи?
|
|
ALA169A.CB
|
VAL52A.CG2
|
3,84 |
Гидрофобное взаимодействие?
|
|
LEU156A.CD1
|
LEU142A.CD1
|
3,76 |
Гидрофобное взаимодействие?
|
|
|
