Personal student's page of Evgeny Kirilin

Последовательность белка HSLO_ECOLI

Последовательность белка HSLO_ECOLI в формате fasta:

>HSLO_ECOLI 33 kDa chaperonin
MPQHDQLHRYLFENFAVRGELVTVSETLQQILENHDYPQPVKNVLAELLVATSLLTATLK
FDGDITVQLQGDGPMNLAVINGNNNQQMRGVARVQGEIPENADLKTLVGNGYVVITITPS
EGERYQGVVGLEGDTLAACLEDYFMRSEQLPTRLFIRTGDVDGKPAAGGMLLQVMPAQNA
QQDDFDHLATLTETIKTEELLTLPANEVLWRLYHEEEVTVYDPQDVEFKCTCSRERCADA
LKTLPDEEVDSILAEDGEIDMHCDYCGNHYLFNAMDIAEIRNNASPADPQVH

В ходе анализа аминокислотного состава была составлена таблица частот остатков белка:

Трёхбуквенный код	Однобуквенный код	Количество остатков

Ala Cys Asp Glu Phe Gly His Ile Lys Leu Met Asn Pro Gln Arg Ser Thr Val Trp Tyr	A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y	22 6 23 26 8 19 8 12 7 33 8 16 14 18 12 7 20 23 1 9

Молекулярный вес белка:

32306

Процент гидрофобных остатков:

42%

Для предсказания принадлежности белка к классу глобулярных или трансмембранных белков использовалась формула:

=КОРЕНЬ( (частота’ A – частота’’ A)^2 + (частота’ C – частота’’C)^2 +… + (частота’ Y – частота’’Y)^2)/20)

При этом получилось,что разница между таблицами частот остатков(по сравнению с глобулярными белками) была равна 5,а разница между таблицами частот остатков(по сравнению с трансмембранными белками) была равна 7,следовательно,белок,возможно,близок к глобулярным белкам.