7. Характеристики PDB-файла; биологические единицы

1. Технические характеристики PDB-записи 1DUV

  • Разрешение - 1.70Å
    REMARK   2 RESOLUTION.    1.70 ANGSTROMS.
  • Число рефлексов - 119618
    REMARK   3   NUMBER OF REFLECTIONS             : 119618
  • Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - 85,8%
    REMARK   3   COMPLETENESS (WORKING+TEST)   (%) : NULL
REMARK 200   OVERALL.                                
REMARK 200   COMPLETENESS FOR RANGE     (%) : 85.8
  • R-фактор - 0,192
    REMARK   3   R VALUE            (WORKING SET) : 0.192
  • Свободный R-фактор - 0,221;
    процент рефлексов, использованных для его вычисления - не приведён в записи:
    REMARK   3   FREE R VALUE                     : 0.221                           
REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET SIZE   (%) : NULL
    Зато приведено число таких рефлексов:
    REMARK   3   FREE R VALUE TEST SET COUNT      : 6000
    Можем посчитать процент самостоятельно: 6000 / 119618 * 100% = 5,02%
  • Кристаллографическая группа и тип симметрии - P 21 21 2
    CRYST1   86.680  134.230  109.300  90.00  90.00  90.00 P 21 21 2    12
    Из этой же строки получены следующие данные:
  • Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решётки):
    a = 86,680
    b = 134,230
    c = 109,300
  • Углы между базисными периодами равны и составляют 90°, то есть базисные периоды ортогональны.
  • Депонируемая (используемая в записи PDB) система координат совпадает с абсолютной, т.к. матрица перехода единичная:
    ORIGX1      1.000000  0.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX2      0.000000  1.000000  0.000000        0.00000                         
ORIGX3      0.000000  0.000000  1.000000        0.00000
  • По данным записи PDB биологическая единица совпадает с ассимметрической единицей, записанной в файле. Это указано в поле REMARK 350.
  • Все атомы в структуре имеют коэффициент заполнения, равный единице.

2. Вычисление относительных координат атомов

Вычислим относительные координаты одного из СА-атомов исследуемого белка. Для этого воспользуемся матрицей перехода к относительным координатам:
SCALE1      0.011537  0.000000  0.000000        0.00000                         
SCALE2      0.000000  0.007450  0.000000        0.00000                         
SCALE3      0.000000  0.000000  0.009149        0.00000
Возьмём СА-атом серина-2 цепи G: 
ATOM      2  CA  SER G   1      19.118  15.243  52.461  1.00 70.26           C
Рассчитаем его относительные координаты:
19,118 * 0,011537 + 15,243 * 0,000000 + 52,461 * 0,000000 = 0,220564366
19,118 * 0,000000 + 15,243 * 0,007450 + 52,461 * 0,000000 = 0,113560350
19,118 * 0,000000 + 15,243 * 0,000000 + 52,461 * 0,009149 = 0,479965689

3. Биологическая единица записи 1PNR

C сервера PDBe получим файл с биологической единицей записи 1PNR. Сравним биологическую и асимметрическую единицы комплекса.
Асимметрическая единица представляет собой одну белковую цепь, связанную с одной цепью ДНК:


Биологическая единица, в свою очередь, является белковым димером, который взаимодействует с двуцепочечной ДНК (грубо говоря, биологическая единица является удвоенной асимметрической):


Анализируя структуру одной лишь асимметрической единицы, нельзя правильно рассмотреть контакты между двумя асимметрическими единицами в биологической. Кроме того, сложно также говорить о взаимодействии белка с ДНК, поскольку в природе у E.coli, которой принадлежит белок, ДНК двуцепочечна. Также, очевидно, взаимодействие двух полипептидных цепей влияет на связи всего белкового комплекса с ДНК.

Назад