3. Электронная плотность

1. Работа с PDB-записью 2B5A

На сайте EDS получим карту электронной плотности: 2b5a.omap. Карта загружается в PyMOL.
В записи 2B5A глутамин 21 цепи C имеет две альтернативных конформации, такие же глутамины трёх других цепей – по одной конформации. Сначала получим изображение глутамина 21 цепи C, на котором видны поверхности уровней 1 (малиновая поверхность) и 0.5 (жёлтая) электронной плотности в окрестности этого остатка:

Буквами А и В подписаны две альтернативные конформации боковой цепи. Видно, что в конформации В электронная плотность между атомами CG и CD очень низкая
Для получения изображения вводилась последовательность команд:

load 2B5A.pdb, pdb
load 2b5a.omap, map
hide all
show lines, d/21/
isomesh glnd_map1,map,0.5,d/21/,1
isomesh glnd_map2,map,1.0,d/21/,1
set mesh_width, 0.3
set line_width,3
ray


Изображение глутамина 21 цепи D:

Электронная плотность выше рядом с электроотрицательными атомами (O, N). Между атомами CG и CD электронная плотность снижена, но не настолько, как в случае конформации В глутамина цепи С.

2. Работа с PDB-записью 1DUV

Карта электронной плотности: 1duv.omap.
Получим изображение электронной плотности вокруг проволочной модели остатка Arg72 цепи G. Как и в предыдущих случаях, малиновым окрашена поверхность, соответствующая уровню 1, жёлтым - уровню 0.5:



Назад