Банк нуклеотидных последовательностей EMBL1.a) Текущий релиз содержит 108577013 записей и был проиндексирован 7 сентября 2009 года.b) Список классов банка EMBL:
c) Список разделов банка EMBL
2.Информация о гене HLA-G из записи EMBL BA000025:направление гена относительно направления, выбранного для записи - обратное (комплементарная цепь) число кодирующих участков - 6 длина первого кодирующего участка - 73 длина последнего кодирующего участка - 5 длина первого интрона между кодирующими участками - 129 длина последнего интрона между кодирующими участками - 445. 3.Самый длинный кодирующий участок гена HLA-G - это позиции 2111597..2111872. Файл с этой последовательностью: HLA-G_1.fasta.Для поиска белка по заданной последовательности используем программу blastx: подаем на вход полученную последовательность в fasta-формате, в качестве базы данных, по которой производится поиск, указываем SwissProt. В результате было найдено два белка с наименьшим значением E-value (3e-13): HLAG_HUMAN - человеческий антиген гистосовместимости класса I, участок 116-206; HLAG_PANTR - выполняющий такую же функцию белок обыкновенного шимпанзе, участок также 116-206. Искомый белок - HLAG_HUMAN, поскольку в этом случае идентичность 100% (с белком шимпанзе идентичность 98%, совпало 90 из 91 позиций). Поскольку нуклеотидная последовательность была выделена из человеческого гена, ясно, что искомый белок принадлежит человеку. 4.При помощи программы entret получим запись SwissProt о белке OTC1_ECOLI: otc1_ecoli.entret.В этой записи содержится 5 ссылок на банк EMBL:
Назад |