Создание паттернов аминокислотных последовательностей 1 Создать паттерны по множественному выравниванию и провести поиск по паттернам в банке данных Swiss-Prot

Из выравнивания, полученного на прошлом занятии, выберем фрагмент с 257-й позиции по 269-ю: Для этого фрагмента создадим три паттерна:

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? Фрагмент последовательности VNSKMMQLTGNPE 9 только исходная Сильный [VI]-[NT]-[MRS]-[EDRKQ]-[LVM]-[LIM]-[DKAQ]-[LKQ]-[ATS]-[AG]-x(0,1)-[PE]-[DNHQE] 16 все Слабый [MRS]-x-[LVM]-[LIM]-[DKAQ]-[LKQ]-[AT]-[AG]-x(0,1)-[PE] 169 все

Естественно, что в первом случае нашлась только исходная последовательность - ведь в выравнивании все последовательности отличаются. Во втором случае, кроме последовательностей из выравнивания, нашлись еще 10 других последовательностей. Все они - близкие к исходным и являются частями белков из семества ОТС-аз, как и белки в выравнивании. Интересно, что там, где в паттерне стоит х(0,1) - то есть где могло бы быть все что угодно: гэп либо любой а.о. - у всех последовательностей, кроме одной, стоит остаток аланина (единственная отличающаяся по этому признаку последовательность - это OTC_PSEPK, которая была и в выравнивании), что указывает на консервативность структуры. В третьем случае паттерн был "ослаблен" (уменьшена его длина, в позиции с 5 возможными вариантами а.о. были разрешены все а.о.), и результат поиска заметно отличается от предыдущего. Среди найденных белков большинство относится к другим семействам и довольно далеки от исходных.

2 Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке ОТС1_Ecoli

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке? PS00097 CARBAMOYL TRANSFERASE Отличительная особенность аспартат- и орнитинкарбамоил- трансфераз паттерн F-x-[EK]-x-S-[GT]-R-T специфична для аспартат- и орнитин- карбамоил- трансфераз 1 PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования казеинкиназы (II) паттерн [ST]-x(2)-[DE] неспецифична 9 PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования протеинкиназы С паттерн [ST]-x-[RK] неспецифична 6 PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования тирозинкиназы паттерн [RK]-x(2,3)-[DE]-x(2,3)-Y неспецифична 2 PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования паттерн G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P} неспецифична 6 PS00001 ASN_GLYCOSYLATION Сайт N-гликозилирования паттерн N-{P}-[ST]-{P} неспецифична 1 PS00009 AMIDATION Сайт амидирования паттерн x-G-[RK]-[RK] неспецифична 1

к проектам на главную