Занятие 2, 16-02-2009 Поисковые системы 1

В MRS удивил и сначала напугал странный язык в датах (голландский?=)) Поле Features здесь просто скопировано из файла базы данных. В этом плане гораздо удобнее страницы в SRS и UniProt - чтобы посмотреть нужный участок цепи, нужно просто нажать на ссылку, и все покажут, а в MRS надо отсчитывать какую-нибудь 117-ю аминокислоту. В SRS и UniProt также удобнее смотреть вторичную структуру белка - все наглядно нарисовано. В UniProt изменен порядок полей файла базы данных, вначале дается самая нужная информация (списки публикаций и пр. уже потом) - не надо долго отматывать, чтобы найти Features. В SRS удобно то, что в списке публикаций даны ссылки сразу на PDF и прочие файлы. В SRS удобно то, что можно напрямую скачать статью о белке в том или ином формате (даны ссылки на файлы) и видно, находятся ли статьи в открытом доступе. 2 Описание поля банка SwissProt в SRS 1) На gam начинаются: gambusia gammaherpesvirinae gammapapillomavirus gammaproteobacteria gammaretrovirus gammaridea 2) Английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии" - это gammaproteobacteria. 3) В UniProt насчитывается 83513 записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий. 3 Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов Amino-acid biosynthesis (Биосинтез аминокислот) ((((([swissprot-Comment:Amino-acid*] & [swissprot-Comment:biosynthesis*]) | [swissprot-Comment:Amino-acid biosynthesis*]) > parent ) & ([swissprot-CommentType:pathway*] > parent )) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 4156 L-arginine biosynthesis (Биосинтез L-аргинина) ((((([swissprot-Comment:L-arginine*] & [swissprot-Comment:biosynthesis*]) | [swissprot-Comment:L-arginine biosynthesis*]) > parent ) & ([swissprot-CommentType:pathway*] > parent )) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*]) 702 4 Посмотреть последовательности, полученные по второму запросу, в fasta-формате можно здесь 5* Задание 1: найти в MEDLINE статьи последних двух-трёх лет, в аннотациях которых упоминается изучаемый белок. По запросу (((([medline-Abstract:ornithine*] & [medline-Abstract:carbamoyltransferase*]) | [medline-Abstract:ornithine carbamoyltransferase*]) & (([medline-Abstract:Escherichia*] & [medline-Abstract:coli*]) | [medline-Abstract:Escherichia coli*])) & [medline-Year#2006:2008]) была найдена 1 статья: Moradian,F., Garen,C., Cherney,L., Cherney,M., James,M.N. Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of two arginine-biosynthetic enzymes from Mycobacterium tuberculosis. (2006) Задание 2: найти статьи, опубликованные в 1970-е годы, среди авторов которых имеется А.А.Нейфах. По запросу ([medline-Year#1970:1979] & [medline-Authors:Neifakh,A.A.*]) было найдено 9 статей. А.А. Нейфах исследовал биосинтез белка и его регуляцию у эмбрионов, в основном у рыб и морских ежей.

к проектам на главную