Содержание записи 1duv в банке PDB
 
Состав записи о белке в банке PDB
Название поля Тип информации, содержащейся в данном поле Пример (из записи 1duv) Перевод, комментарии
HEADER Тип ферментов, к которому относится данный белок (краткое название), дата публикации в банке PDB и идентификационный код TRANSFERASE 18-JAN-00 1DUV Тип белка - трансфераза
Опубликован 18 января 2000 г.
TITLE Информация о том, что, собственно, представлено в файле (указание на структуру белка, название организма, которому он принадлежит, полное химическое название) CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE COMPLEXED WITH NDELTA-L-ORNITHINE-DIAMINOSPHINYL-N-SULPHONIC ACID Кристаллическая структура белка бактерии Е. coli орнитинтранскарбамойлазы, связанного с N-дельта-L-диаминосфинил-N-сульфониловой кислотой
COMPND Информация о количестве полипептидных цепей в составе белка
Название молекулы
Cиноним названия
3 CHAIN: G, H, I

ORNITHINE TRANSCARBAMOYLASE
OCTASE-1
3 цепи: G, H, I

орнитинтранскарбамойлаза
октаза-1
SEQRES Последовательность аминокислотных остатков в каждой полипептидной цепи В каждой цепи содержится 333 остатка, цепи идентичны друг другу (гомополимер)
HET Приведены лиганды, связанные с белком, в виде трехбуквенных кодов Лиганды PSQ (связаны с каждой полипептидной цепью) и лиганд MPD
HETNAM Расшифровываются трехбуквенные коды лигандов PSQ - NDELTA-(N'SULPHODIAMINOPHOSPHINYL)-L-ORNITHINE
MPD - (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
PSQ - N-дельта-(N'сульфодаминофосфинил)-L-орнитин
MPD - (4S)-2-метил-2,4-пентадиол
FORMUL Брутто-формулы лигандов (также приведены молекулы воды) PSQ - 3(C5 H15 N4 O6 P S)
MPD - C6 H14 O2
HOH - *735(H2 O)
Перед скобкой дано число молекул лигандов/воды, связанных с белком: PSQ - 3 молекулы, MPD - 1 молекула, вода - 735 молекул.

Краткое описание цепи Н белка
Белок типа "альфа+бета" (т.е. состоит из альфа-спиралей и бета-слоев).
Состав белка:
альфа-спиралей - 17
бета-тяжей - 16
бета-поворотов - 36
На рисунках изображена цепь Н с разного ракурса.
В этой цепи насчитывается:
альфа-спиралей - 53
бета-тяжей - 48
бета-поворотов - 108
 
Остовная модель цепи Н   Остовная модель цепи Н, покрашенная по структуре.
Красным цветом выделены альфа-спирали, желтым - бета-тяжи, синим - бета-повороты, белым - неструктурированные элементы.

к проектам

на главную