-назад-

Банк EMBL

Европейская Лаборатория Молекулярной Биологии (EMBL). Банк EMBL. Является универсальной базой данных нуклеотидных последовательностей.

Сравнение разных записей в EMBL

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
U00096	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	23.02.2006	Полный геном Escherichia coli К-12 MG1655	4639675
AP009048	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	22.01.2006	Полный геном Escherichia coli W3110 DNA	4646332
U00006	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	22.09.1993	Хромосомный участок E. coli с 89.2 по 92.8 мин. E. coli chromosomal region from 89.2 to 92.8 minutes	176195
X01700	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	02.07.1986	Регион промотора гена фосфоенолпируват карбоксилазы E. coli ( PPC , EC 4.1.1.31 )	360
X05903	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	02.04.1988	Ген ррс фосфоенолпируваткарбоксилазы (EC 4.1.1.31) E. coli ppc gene for phosphoenolpyruvate carboxylase (EC 4.1.1.31)	3106
X55417	Геномная ДНК (genomic DNA)	Standard (STD)	Прокариоты (PRO)	22.04.1992	Ген ацетилонитин дезацетилазы Escherichia coli ( argE Gene ). The chromosomal acetylornithine deacetylase ( argE ) gene.	2070




В банке SwissProt были найдены ссылки на записи в банке EMBL:

DR   EMBL; X05903; CAA29332.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; X55417; -; NOT_ANNOTATED_CDS; Genomic_DNA.
DR   EMBL; U00006; AAC43062.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; U00096; AAC76938.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; AP009048; BAE77355.1; -; Genomic_DNA.
DR   EMBL; X01700; CAA25847.1; -; Genomic_DNA. 

Затем при помощи SRS одним запросом ((((([embl-AccNumber:X05903*] | [embl-AccNumber:X55417*]) | [embl-AccNumber:U00006*]) | [embl-AccNumber:U00096*]) | [embl-AccNumber:AP009048*]) | [embl-AccNumber:X01700*]) найдены пять соответствующих embl-записей.

• Различия:
  • Что бросилось в глаза - продолжительные промежутки между записями. Наиболее "древней" оказалась запись о некоем argE-гене. Достаточно давнишней оказалась запись о хромосомном участке "from 89.2 to 92.8 minutes". Самой поздней записью явился сам геном E. coli, это понятно, получить полный геном намного трудней и сложней, чем хромосомный участок, к примеру.
  • У всех записей большой разброс в длине последовательностей, от 360 до 4639675.
  • Не совсем понятна связь argE-гена, хромосомного участка и фосфоенолпируват карбоксилазы. С участком ещё легко, там могла вполне быть последовательность, кодирующая CAPP_ECOLI, но связь argE-гена и CAPP_ECOLI мне пока неизвестна, быть может, временно. =)
• Cходства:
  • Все записи - ДНК-молекулы.
  • Записи стандартного типа.
  • Относятся к прокариотам.

Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL

Последовательности, кодирующие белок СAPP_ECOLI в двух записях банка EMBL

	I	II
ID записи	U00006	U00096
Начало гена в записи	15688	4148470
Конец гена в записи	18339	4151121
Направление гена	обратное (complement)	обратное (complement)
Примечания*	Это часть полного генома кишечной палочки, была получена в ходе его секвенирования. Содержит зашифрованные гены белков, транслируемых в организме E. coli. Ген ppc кодирует белок CAPP_ECOLI. Имеется два промотoра:(18436..18464)&(18455..18490).




Были извлечены фрагменты (CAPP_gene1.fasta, CAPP_gene2.fasta) нуклеотидных последовательностей из обоих записей, кодирующие фосфоенолпируват карбоксилазу. С помощью needle фрагменты выравнены междy собой (gene1_gene2.needle). Процент идентичности 100%.

Знакомство с записью гена из эукариотического генома

Было предложено поработать с EMBL-записью с идентификационным номером L44140.
Мой ген - GdX.

• Схематичное изображение структуры транслируемых участков (изображены только первый и последний транслируемые участки):
  Ген на комплементарной цепи: 5'-[<=155959..156069]--...--[<=156956..157003]----3'
• В гене 3 экзона и 3 интрона.
• Для подсчёта их длины использовались возможности Excel (gene.xls).
• Cамый длинный интрон (156753..156955) - 245;
  Самый короткий интрон (156070..156190) - 119.
  
• Самый длинный экзон (156191..156399) - 209;
  Самый короткий экзон (156956..157038) - 83.