Таблица#1
| A-форма | B-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая |
| Шаг спирали (Å) | 28,02 G1A.P - C12A.P |
33,75 T27B.P - G17B.P |
| Число оснований на виток | 11 | 10 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 7,98 T19B.P - C8A.P |
17,21 T19B.P - T11A.P |
| Ширина малой бороздки (Å) | 16,96 T7A.P - G29B.P |
11,68 C8A.P - G29B.P |
Итак, как известно ДНК может существовать в нескольких формах. Почитав разные источники, я нашла информацию о A-, B-, C-, D-, Z-формах. Возможно, существуют и другие формы, термины, классификации. A- и B-формы наиболее вероятны, поэтому имеет смысл изучить их подробнее и провести сравнение. Что первое бросается в глаза - это их различия в их пространственной ориентации. А-форма более широкая и более закрученная, если посмотреть на неё сверху, можно заметить (согласно нетрудным аналогиям), что она похожа на "пончик с дыркой". (: Далее заметно, что в В-форме плоскости нуклеотидных пар перпендикулярны оси спирали, тогда как у А-формы эти плоскости находятся под углом к оси спирали.
Причиной существования А- и В- форм ДНК служит то, что сахарное кольцо находится в разных конформациях: С2'-эндо для В-формы и C3'-эндо для А-формы.
А теперь ближе к таблице и цифрам. (: Обе спирали правозакрущенные. А-форма более закручена, поэтому у неё 11 нуклеотидов на виток. Большая бороздка В-формы функционально значима, поэтому она значительно шире и глубже малой бороздки.
Таблица#2
| Файл dnaN.pdb | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая |
| Шаг спирали (Å) | 30,76 G12A.P - G2A.P 34.61 G14B.P-G24B.P |
| Число оснований на виток | 10 |
| Ширина большой бороздки | 10,27 T8A.P - +A21B.P |
| Ширина малой бороздки | 16,48 A5A.P - G16B.P |
Ширина большой и малой бороздки меняется в зависимости от фосфатов каких нуклеотидов проводить измерения. Шаг спирали указан для двух цепей.
Таблица#3
| Угол | α | β | γ | δ | ε | ζ | χ |
| Связь | P-O5' | O5'-C5' | C5'-C4' | C4'-C3' | C3'-O3' | O3'-P | C1'-N |
| A-форма | -51.7 | 174.8 | 41.7 | 79.1 | -147.8 | -75.1 | -157.2 |
| B-форма | -29.9 | 136.3 | 31.2 | 143.3 | -140.8 | -160.5 | -98.0 |
Файлы с результатами:
!Вывод: принципиальных различий в конформационно важных углах двух форм ДНК не наблюдается. (Оранжевым покрашены углы с наиболее близкими значениями.)
Анализ структуры из файла dna3.pdb
Файл с результатами: dna3.out.Следующая информация, выданная программой analyze, показалась мне интересной:
-
Classification of each dinucleotide step in a right-handed nucleic acid structure: A-like; B-like; TA-like; intermediate of A and B, or other cases step Xp Yp Zp XpH YpH ZpH Form 1 CG/CG -2.95 8.70 0.62 -4.21 8.52 1.90 2 GC/GC -2.46 9.11 0.39 -0.53 8.65 -2.88 3 CG/aG -2.44 8.60 0.33 -3.75 8.53 1.29 4 GA/Ta -2.46 8.30 -0.07 -7.42 6.35 4.77 5 AA/TT -3.68 8.99 -0.48 -5.04 8.98 0.57 B 6 AT/AT -3.47 9.03 -0.30 -2.85 8.67 -2.54 B 7 TT/AA -3.36 8.87 -0.20 -3.51 8.87 0.05 B 8 Ta/GA -2.85 0.17 8.73 -2.09 0.50 2.30 9 aG/CG -0.64 4.38 4.53 1.67 4.83 -2.41 10 GC/GC -2.15 9.12 0.15 0.81 8.64 -2.93 11 CG/CG -2.60 8.60 -0.00 -2.46 8.60 0.25
-
Sugar conformational parameters: Note: v0: C4'-O4'-C1'-C2' v1: O4'-C1'-C2'-C3' v2: C1'-C2'-C3'-C4' v3: C2'-C3'-C4'-O4' v4: C3'-C4'-O4'-C1' tm: amplitude of pseudorotation of the sugar ring P: phase angle of pseudorotation of the sugar ring Strand I base v0 v1 v2 v3 v4 tm P Puckering 1 C -31.7 37.7 -30.2 12.6 11.7 37.5 143.7 C1'-exo 2 G 33.2 -5.4 -22.2 42.8 -47.2 47.3 242.0 C4'-endo 3 C 2.6 -28.4 41.4 -41.3 24.8 43.0 15.4 C3'-endo 4 G -46.9 27.1 1.0 -29.4 46.7 48.8 88.9 O4'-endo 5 A 11.0 14.9 -33.2 40.3 -32.3 40.0 213.9 C3'-exo 6 A -48.0 33.6 -8.8 -20.1 41.9 47.5 100.6 O4'-endo 7 T -46.3 31.6 -6.6 -21.2 42.1 46.4 98.2 O4'-endo 8 T 14.7 11.6 -31.1 41.4 -35.4 40.5 219.8 C4'-endo 9 a -27.8 10.9 8.3 -25.1 33.2 32.6 75.2 O4'-endo 10 G 8.4 24.2 -45.3 52.3 -38.0 51.3 208.1 C3'-exo 11 C -50.2 41.6 -19.1 -10.3 37.1 49.1 112.9 C1'-exo 12 G 18.7 9.1 -30.7 42.9 -38.7 42.6 224.0 C4'-endo Strand II base v0 v1 v2 v3 v4 tm P Puckering 1 G -14.8 -11.1 30.2 -39.6 34.4 39.3 39.9 C4'-exo 2 C -41.2 39.4 -23.4 -0.3 25.8 41.8 124.0 C1'-exo 3 G -32.6 47.3 -44.1 26.9 3.5 47.8 157.4 C2'-endo 4 a -38.6 52.1 -46.3 26.0 7.8 51.9 153.0 C2'-endo 5 T -42.5 47.2 -35.8 11.8 18.8 47.6 138.7 C1'-exo 6 T -38.4 24.4 -3.3 -19.5 35.5 38.4 95.0 O4'-endo 7 A -22.1 40.4 -42.9 30.9 -5.9 43.7 169.0 C2'-endo 8 A -30.8 33.9 -25.2 7.7 14.2 34.2 137.5 C1'-exo 9 G -42.9 33.4 -13.2 -11.9 33.7 41.7 108.4 C1'-exo 10 C -15.4 -16.0 38.5 -49.2 40.5 48.1 37.0 C4'-exo 11 G -41.5 33.6 -14.6 -9.8 31.8 40.6 111.1 C1'-exo 12 C -21.0 40.4 -44.3 33.9 -8.2 44.8 171.9 C2'-endo - Сравнение важных конформационных углов структуры dna3.pdb и соотвествующих углов A-, B-формы ДНК (cчитаю углы i, j эквивалентными, если |i-j|≤15).
Strand I base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi A-DNA -51.7 174.8 41.7 79.1 -147.8 -75.1 -157.2 B-DNA -29.9 136.3 31.2 143.3 -140.8 -160.5 -98.0 1 C --- --- 176.2 129.3 -173.2 -32.9 -131.7 2 G -77.6 -55.5 -82.9 161.9 164.5 -58.2 -122.6 3 C 178.0 174.9 128.4 76.9 37.2 142.7 -162.6 4 G -112.9 90.7 96.2 85.8 -173.0 -91.1 -160.9 5 A 134.4 168.5 -158.3 159.0 -160.6 -71.2 -133.5 6 A -64.6 156.5 56.1 96.1 -162.6 -95.6 -137.0 7 T -50.9 148.8 61.2 93.6 -154.8 -99.6 -142.2 8 T 19.0 -136.4 -61.2 160.9 179.1 -70.2 -115.1 9 a -97.6 -175.8 50.8 92.1 48.5 92.8 70.7 10 G -65.0 -121.0 -75.4 173.5 -131.7 -156.0 -94.9 11 C -51.7 103.4 83.3 107.2 -156.0 -71.4 -150.0 12 G -51.0 -119.4 -21.6 161.2 --- --- -80.5 Strand II base alpha beta gamma delta epsilon zeta chi 1 G -93.1 159.1 66.8 75.9 --- --- -141.1 2 C -69.9 122.8 42.0 118.0 -154.2 -108.7 -133.9 3 G -87.5 142.2 59.6 145.5 -73.1 162.8 -107.1 4 a -14.2 139.5 5.1 145.5 -106.3 -174.0 105.0 5 T -38.7 150.5 33.4 129.8 -151.5 -145.3 -108.7 6 T -92.4 122.6 126.7 97.2 -130.4 -94.2 -162.5 7 A -33.1 170.6 9.4 147.5 -165.3 -105.5 -88.7 8 A -108.9 128.9 120.8 123.5 -143.2 -94.0 -150.8 9 G -156.6 97.6 121.7 105.9 -139.8 -85.4 -161.1 10 C -62.5 123.0 49.5 67.8 68.0 110.0 -149.4 11 G -51.7 122.8 68.6 108.6 -122.7 -128.1 -138.5 12 C --- --- -65.5 151.8 -137.4 -152.9 -104.7
- !Вывод: структура из файла dna3.pdb близка к В-форме ДНК.
